鸦片战争以后，瑶族人民积极反对帝国主义侵略。光绪初年，法帝国主义觊觎两广和云南，频频派出传教士深入到一些瑶山，建立教堂，充当据点，勾结官府，欺压瑶族人民，并进行间谍活动，刺探军情。中法战争爆发之际，法国派兵侵占云南麻栗坡县、马关县一些地区，强行征丁派款，实行殖民统治，又暗中偷移界碑，企图侵吞我国疆土。这些侵略行径激起了瑶族人民的义愤，光绪三年（1877年），云南麻栗坡、马关地区瑶、壮、苗人民以刀、矛、弩、箭、火枪等武器，与法国侵略者进行英勇不屈的斗争，迫使法国侵略者在九年之后将猛洞一带7000多平方公里的土地归还我国。宣统元年（1909年），广东连南瑶族人民在李观梅领导下，联合人民，捣毁了三江教堂和教会学校，表现了瑶族人民爱国主义斗争的精神。
19世纪末20世纪初，瑶族人民踊跃参加辛亥革命运动，参与了孙中山亲自布署发起的“上思战役”、“河口战役”。广西恭城瑶族人李苍霖，早年加入同盟会，成为积极分子，参与了广西同盟会的组织与活动，柳州起义失败后，到广州寻找孙中山，后被捕牺牲。瑶族人民与其他各族人民一道，为推翻清王朝的封建专制统治，作出了不朽的贡献。
辛亥革命胜利后，为了谋求民族解放，掌握民族命运，瑶族继续进行反抗帝国主义、封建主义和官僚资本主义的斗争。1926年12月，在毛泽东亲临指导的湖南第一次农民代表大会，通过了一个《解决苗、瑶决议案》，指出要帮助苗、瑶族人民的解放。在第二次国内革命战争时期，瑶族聚居的今广西巴马瑶族自治县西山区，曾经是红七军的革命根据地。瑶族人民踊跃参加了百色起义和右江革命根据地的建设。邓小平、张云逸领导成立的红七军，还组建了大部分由瑶族子弟参加的独立连。红七军主力北上后，红七军第二十一师师长韦拔群曾带领该师特务连留守右江，很快又扩大到三个团。他的师部和右江工农民主政府就设在今巴马瑶族自治县西山。1933年，在桂北灌阳、全州、兴安等县的瑶民，举行反对政府残暴统治的武装暴动，给桂系军阀以很大的打击。
在解放战争中，各地瑶族人民纷纷参加当地的游击队，开展武装斗争。在现今巴马瑶族自治县西山老革命根据地，瑶族人民在中国共产党的领导下，与壮、汉等人民一起组织革命武装，举行万冈起义，配合东兰、凤山的起义队伍，于1947年攻下了万冈县城，坚持不懈的斗争，并于1948年在西山成立县人民政府，组织以瑶、壮族为主的西山主力大队，主动出击，先后解放了万冈（今巴马瑶族自治县）、凤山两座县城，迎接解放军的到来。桂北自1945年成立抗日游击队后，经常活动在兴安、全州、灌阳、灵川等瑶族地区。1948年10月，队伍扩大到1300多人，成立桂北人民解放总队，总部就设在全州县东山瑶族地区。瑶族人民除大力支持游击队活动外，还派出了自己的优秀子弟参加游击队伍，并传送情报、站岗、放哨、供应粮食、掩护伤病员等。其它地区，如十万大山、桂中、桂东、粤北、云南文山等地的瑶族群众地纷纷组织或参加游击活动。1949年冬，随着人民解放军大举南下解放两广、湖南，各瑶族地区的游击队配合行动，使解放战争取得了伟大的胜利。
在宋、元、明、清时代，广西西部和云南的瑶族地区都曾受土司制度的统治。清朝曾在瑶族聚居地区设置“瑶长”、“瑶练”等职。民国政府统治时期，设立相当于县、区一级的“化瑶局”、“安化局”和“设治局”。后来又改设区、乡、村，建立保甲制度。除此之外，在一些瑶族聚居区还残留若干带有原始特点的社会组织形式。这种社会组织形式有“巴引”、“油锅”、“瑶老制”和“石牌制”等等。