有了三峡工程，一般洪水可由三峡水库拦蓄；若遇特大洪水需要运用分蓄洪措施时，也因有三峡水库拦蓄洪水而为分蓄洪区人员的转移、避免人员伤亡赢得时间，作用将是十分显著的。 当然，长江防洪系统工程是一个系统工程，为了稳定长江河势，发挥防洪和航运效益，除了兴建三峡工程，营造长江中下游防护林工程，在金沙江河段及嘉陵江、乌江等支流修建水利枢纽外，还应坚持上下游、左右岸统一规划，并贯彻“蓄泄兼筹”的原则，加强堤防、分蓄洪和水库工程建设，走综合治理之路，才能最终实现长江流域的“标本兼治”。
发电：
三峡水电站装机总容量为1820万千瓦，年均发电量847亿千瓦时，将产生巨大的电力效益。 1）三峡水电站的供电地区 三峡水电站发出的电力，主要供电地区为华中电网（湖北、河南、湖南）、华东电网（上海、江苏、浙江、安徽）、广东和重庆。三峡水电站将引出15条50万伏超高压线路，分别向北、东、南三个方向接入华中、华东电网，至广东建直流输电工程。 三峡水电站将和华中、华东地区已建、在建和拟建的电站群相结合，使西电东送和北煤南运相结合，将有力地解决华中、华东地区的缺电问题，极大地提高电网的经济性和可靠性。 2）三峡水电站对华中、华东地区供电的特殊意义 华中、华东地区工农业生产发达，但能源不足制约着经济的发展。这两个地区的煤炭资源分别只占全国的3.6％和3.2％，从北方调进相当数量的煤炭，受煤炭生产特别是运输的制约。华东地区水能资源本来就不多，条件较优越的多已开发，今后主要开发中小水电站和修建抽水蓄能电站。华中地区可开发而尚未开发的剩余水能资源70％集中在三峡河段。据两地电力发展规划，到2015年，需新增装机容量1.7亿千瓦，增加电量8600亿千瓦时。兴建三峡工程和其他水电站，如五强溪、隔河岩、水布垭、高坝洲等水电站，并尽可能建设核电站后，仍需增建火电站1.3亿千瓦，这要从华北能源基地每年运进原煤2亿多吨。如果不建三峡工程，则需要建更多的火电站，这将进一步加剧煤炭生产和运输的困难，并带来环境污染。 3）三峡水电站巨大的发电效益 三峡水电站规模巨大，地理位置适中，将成为我国迄今为止发电效益最大的水电站。三峡水电站巨大的发电效益体现在以下5个方面： （1）支持华中、华东和广东地区的发展 三峡水电站装机总容量、平均年发电量相当于建设13座140万千瓦级的大型火力发电厂，发电效益十分可观。兴建三峡工程对解决21世纪初期一段时间内华中、华东和广东地区用电增长的需要，对促进华中、华东和广东地区经济发展将起到重要作用。 （2）有利于全国电力联网 三峡水电站地处我国中西结合部，它所供电的华中、华东和广东地区，供电距离都在400～1000公里的经济输电范围以内。 三峡水电站全部投入后，可以把华中、华东、西南电网联成跨区域的大型电力系统，可取得地区之间的错峰效益、水电站群的补偿调节效益和水火电厂容量交换效益。仅华中、华东两大电网联网，就可取得300万～400万千瓦的错峰效益，从而具备了北联华北、西北，南联华南，西电东送，南北互供，组成全国联合电力系统的条件。 （3）能创造可观的经济效益 三峡水电站若电价暂按0.18～0.21元／千瓦时计算，每年售电收入可达181亿～219亿元，除可偿还贷款本息外，还可以向国家缴纳大量税金。 （4）具有显著的增值效应 按华中、华东地区1990年每千瓦时的电力创造工农业产值6元计算，三峡水电站每年可以国家增加工农业产值6218亿元提供电力保证。 （5）具有重大的环境效益 清洁、价廉、可再生的水电替代火电后，每年可少排放形成全球温室效应的二氧化碳1．3亿吨，造成酸雨的二氧化硫约300万吨和一氧化碳1.5万吨，以及氮氧化合物等。可见，三峡工程也是一项改善长江生态环境的工程。
航运：
长江干流流经六省二市，历来就是沟通我国西南腹地和东南沿海的交通运输大动脉，在国民经济中占有十分重要的地位。 三峡工程位于长江上游与中游的交界处，地理位置得天独厚，对上可以渠化三斗坪至重庆河段，对下可以增加葛洲坝水利枢纽以下长江中游航道枯水季节流量，能够较为充分地改善重庆至武汉间通航条件，满足长江上中游航运事业远景发展的需要。三峡工程与葛洲坝工程联合运行，对长江上中游显著的航运效益体现在以下几个方面： ① 万吨级船队可以直达重庆，年通航能力能够从现在的1000万吨提高到5000万吨，航运成本降低35％～37％，年保证率为50％以上。重庆至宜昌650公里范围内，原有急流淮、险滩、浅滩共139处，绞滩站25处，单行航行航段46处。葛洲坝水库虽淹没了30余处险滩，仅改善了滩多流急的三峡河段约110公里的航道，尚有约540公里航道处于天然状态，目前只能行驶1500吨级船队，严重阻碍了长江上游航运事业的发展。三峡工程建成后，可以淹没上述所有险滩，一年中有半年以上时间库区航道成为深水航道，航道水深增加40％，宽度增加2倍，江水流速减缓50％，可满足万吨级船队对航道尺度的要求。经三峡水库调节，每年枯水季节平均下泄流量5860立方米/秒，比建库前天然情况下约增加2300～3000立方米/秒，使中游航道水深平均增加0.5～0.7米，有效解决了“中游水浅，上游滩险”的问题，扩大了重庆至武汉间航道通过能力，可满足长江上中游航运事业远景发展的需要，对促进西南地区国民经济快速发展有着重要意义。 ② 三峡工程建成后，由于长江上中游航道和水域条件的改善，将促进船型、船队向标准化、大型化方向发展；单位功率拖载量可由目前的0．904～1．207吨/千瓦(0.7～0.9t/hp)增加到2．682～9．387吨/千瓦（2～7t/hp）；船舶运输耗油量可从目前的26克/吨·公里，降低到7．66克／吨·公里）。运输成本的降低，十分有利于充分发挥长江水运优势。 ③ 在天然气情况下，重庆至宜昌间航道在一年内洪、枯水位最大变幅达60米以上（巫山断面），给港口、航道建设和航标管理带来很大困难。三峡工程建成后，年水位变幅在30米以内，水深增加、水域扩大、可撤销所有绞滩站，险滩的整治、疏浚、维护费用大大减少，并为系统地进行库区港口、航道建设和航标管理创造了有利条件。 ④ 三峡工程可与重庆市境内长江干流及支流乌江、嘉陵江的水利枢纽工程相衔接，使长江干流及几大支流的航运事业进一步发展；还可使香溪、神农溪、大宁河、龙河、黎香溪等中小支流的通航里程增加约500公里。 从另一角度看，如果不建三峡工程，而采用大力整治，航道的办法，可达到最大年下行航运通过能力为2000万吨。与三峡工程建成后年下行航运通过能力5000万吨相比，尚差3000万吨。要承远这3000万吨货物，需修建双线铁路，其投资、占地、移民、能源消耗都相当大。相比之下，足见修建三峡工程对提高通过能力最为有利。