1958年3月，毛泽东同志在党中央召开的成都会议上，再次提出引江、引汉济黄和引黄济卫问题。同年8月，中共中央在北戴河召开的政治局扩大会议上，通过并发出了《关于水利工作的指示》，明确指出：“除了各地区进行的规划工作外，全国范围的较长远的水利规划，首先是以南水（主要指长江水系）北调为主要目的地，即将江、淮、河、汉、海各流域联系为统一的水利系统规划”。这是“南水北调”一词第一次见之于中央正式文献。
1958年到1960年3年中，中央先后召开了4次全国性的南水北调会议，制定了1960年至1963年间南水北调工作计划，提出在3年内完成南水北调初步规划要点报告的目标。
1959年2月，中科院、水电部在北京召开了“西部地区南水北调考察研究工作会议”，确定的南水北调指导方针是：“蓄调兼施，综合利用，统筹兼顾，南北两利，以有济无，以多补少，使水尽其用，地尽其利。”
1978年9月，中共中央政治局常委陈云就南水北调问题专门写信给水电部部长钱正英，建议广泛征求意见，完善规划方案，把南水北调工作做得更好。同年10月，水电部发出了《关于加强南水北调规划工作的通知》。1978年五届全国人大一次会议上通过的《政府工作报告》中也正式提出：“兴建把长江水引www.dljs.Net到黄河以北的南水北调工程”。
1979年12月，水电部正式成立了部属的南水北调规划办公室，统筹领导协调全国的南水北调工作。
1987年7月，国家计委正式下达通知，决定将南水北调西线工程列入“七五”超前期工作项目。要求1988年底完成南水北调西线工程初步研究报告；1990年底，完成南水北调西线工程雅砻江调水线路的规划研究报告；“八五”继续完成通天河和大渡河调水线路的规划研究工作，并于1995年完成南水北调西线工程规划研究综合报告。
1991年4月，七届全国人大四次会议将“南水北调”列入“八五”计划和十年规划。
1992年10月，中国共产党十四次代表大会把“南水北调”列入中国跨世纪的骨干工程之一。
1995年12月，南水北调工程开始全面论证。
2000年6月5日，南水北调工程规划有序展开，经过数十年研究，南水北调工程总体格局定为西、中、东三条线路，分别从长江流域上、中、下游调水。