南方丘陵山区的生物资源使这一地区具有国内其他地区无法比拟的巨大潜力。目前的利用规模极大，但是与其潜力相比，资源的利用深度不大，效率不高。主要有以下几方面问题。
1．大部分生物资源的利用处在粗放经营，甚至只用不管的状态，因此总效率不高。这主要表现在两个方面：其一，农业所利用的生物资源比较单一，一些有明显速生性和产品质量优异的生物品种没有占据应有的地位；其二，除茶、果、竹、木有重要地位的局部地区外，在劳动力投向方面80%以上用于少数几种农作物，特别是水稻。面积最大的次生林抚育、草坡管理等投工极少，大部分园地的经营也极为粗放。在资金投入方面，对耕地的投入要远远大于林地。这种各项投入高度集中于耕作业的状况，造成对少数生物物种高投入、高产出，而对大部分生物资源，包括优势生物资源只用不管、粗放经营的局面，从而使本区生物资源的潜力没有得到发挥。
2．对生物品种所要求的生态环境重视不够，影响了生物的生产能力。例如，某些热带作物、糖蔗、柑橘北移，苹果、梨南下，茶叶下移到黄胶土岗地，双季稻推至淮河一线等等，其中有些违背了生物特性，结果劳而无功；有些生态要求无法满足，结果事倍功半。
3．开发生物资源的深度有限，层次较少，降低了生物资源的潜在价值。例如，对许多生物资源仅利用了资源价值的一部分，就大宗产品而言，油桐和油茶目前仅用油品，而从油茶的花和饼粕中很有希望提取出高效低毒的杀虫成分，通过改进生产工艺，油桐和饼粕可能成为优质的高蛋白饲料。这说明生物资源在未来满足国民经济多方面需要和通过深度开发不断增值的前景是十分可观的。