三峡工程恰位于长江上游与中游的交界处（三峡出口南津关是长江上游与中游的分界点，三峡工程位于南津关上游38千米处），地理位置得天独厚，对上可以渠化三斗坪至重庆河段，对下可以增加葛洲坝工程以下长江中游航道枯水季节流量，能够较为充分地改善重庆至汉口间通航条件，满足长江上中游航运事业远期发展的需要。三峡工程与葛洲坝工程联合运行，对长江上中游显著的航运效益体现在以下几个方面。
1．万吨级船队可以从重庆直达汉口，年保证率为50%以上。重庆至宜昌660千米范围内，原有急流滩、险滩、浅滩共139处（滩险分布在135米水位以下的占77%，155米水位以下的占95%），绞滩站25处，单行控制段46处。葛洲坝水库虽淹没了30余处滩险，仅根本改善了滩多流急的三峡河段约110千米的航道，尚有约550千米航道处于天然状态，目前只能行驶1 500吨级船队，严重阻碍了长江上游航运事业的发展。三峡工程建成后，可以淹没上述所有滩险，一年中有半年以上时间库区航道为深水库调节，每年枯水季节平均下泄流量为5 860立方米/秒，比建库前天然情况下增加2 000～3 000立方米/秒，使中游航道水深平均约增加0.5米，保证了万吨级船队的通行。
2．扩大了重庆至汉口间航道通过能力，可满足长江上中游航运事业远景发展的需要。受航道条件限制，目前重庆至汉口间航道年单向下水道通过能力仅为1 000万吨。三峡工程建成后，年单向下水通过能力可达1亿吨，过坝下水货运量可达5 000万吨，对促进西南地区国民经济快速发展有着重要意义。
3．大幅度降低运输成本，可充分发挥水运优势。三峡工程建成后，由于长江上中游航道和水域条件的改善，将促进船型、船队向标准化、大型化方向发展；每马力拖载量可由目前的0.7～0.9吨增加到2～7吨；船舶运输耗油量可从目前的26千克/千吨千米，降低到7.66千克/千吨千米；运输成本可比目前降低35%～37%，十分有利于充分发挥川江水运的优势，可扭转目前不少货主弃水路走铁路的倾向。
4．有利于库区港口、航道建设和航标管理。天然情况下，重庆至宜昌间航道在一年内洪、枯水位最大变幅达60米以上（巫山断面），给港口、航道建设和航标管理带来很大困难。三峡工程建成后，年内水位变幅在30米以内，水深增加、水域扩大，可撤销所有绞滩站，滩险的整治、疏浚、维护费用大大减少，并为系统地进行库区港口、航道建设和航标管理创造了有利条件。
5．三峡工程可与重庆以上长江干流的小南海工程、乌江最大一级的大溪口工程、嘉陵江井口工程等相衔接，可使长江干流及几大支流的航运事业进一步发展。还可使大宁河、香溪等中小支流的通航里程增加约500千米。
此外，干流两岸遇有大型崩塌、滑坡时，不会再阻断干流航道。
以上只是三峡工程航运中的直接效益。如果不建长江三峡工程，目前航道经过相当长时间的大力整治，最大年下水通过能力为2 000万吨，与三峡工程建成后年下水通过能力5 000万吨相比，尚差3 000万吨，如果修建双线铁路承运这部分货物，其投资、占地、移民、能源消耗都是相当大的。