内蒙古自然条件差，土地裸露，风大沙多，干旱、大风影响着土地利用。全区年降水量不足300毫米的地区占一半以上，蒸发量一般超过降水量3～5倍，西部地区超过10倍，干旱灾害频繁。降水又多集中于夏季，多大雨、暴雨，易形成洪涝灾害，引起水土流失。年平均风速多在3～4米/秒，北部高原区在5米/秒左右，春季最大。高原区冬春不低于8级的大风日数，一般在20～40天以上，最多的超过60～100天，加大了干裸土地的风蚀沙化速度。每年因风沙侵害、沙化丧失的土地面积相当于一个中等旗县。
本区由于过牧、不合理的开垦、排灌设施不配套等原因也造成了土地沙化、草场退化、土壤侵蚀和盐渍化等问题。全区遭受风蚀沙化的土地达74.4万平方千米，占总面积62.89％，造成严重危害的面积占20％。牧区草场退化面积占可利用草地的20％以上，农牧林交错地带占40％以上，个别地区达60％。水土流失面积27.2万平方千米，造成严重危害的占11％。盐渍土和盐渍化面积3.2万平方千米，特别是河套地区土地盐渍化较为严重，已影响到农业生产的发展。
土地经营方式粗放，效益较低。受自然条件和经济条件的限制，耕作制度上长期习惯于广种薄收，耕地撂荒或轮歇较多，一半的耕地施不上肥。畜牧业生产靠天养畜。城镇土地利用中空闲地多，基础设施建设跟不上。伴随大规模的能源开发，各类非农业建设用地逐步扩大，耕地面积不断下降，土地复垦任务艰巨。