新疆用地结构不合理的矛盾长期存在，主要表现为种植业发展很快，人工林和人工草场建设缓慢。林地不足使部分农田得不到防护林保护；农村薪炭林面积偏小，能源缺乏；人工草场面积小，缺乏饲料保证。
新疆现有耕地5.88万平方千米，盐碱地面积占1/3以上。耕地土壤肥力普遍较低，有机质含量多在0.5％～1.5％之间，北疆较高。因缺水干旱而形成的干旱型低产田约2 470平方千米；因缺水、缺肥等原因，每年都有一部分耕地休闲，休闲地面积一般要占到耕地面积的15%～17％。20世纪50年代以来，新疆耕地面积持续增长，新垦耕地3.4万多平方千米，所占土地多为高产草地，开垦草地的同时也产生大量撂荒地。1983年起，新疆粮食自给有余，但肉食供应不足。在河流沿岸和扇缘带的撂荒地上，土壤多已次生盐渍化，不少地段变成寸草不生的盐碱滩，南疆叶尔羌河下游农区盐渍化土地占耕地面积90％以上。
过度放牧使干旱类型的草地植被得不到正常生长和发育，草群盖度变稀，草层变低，劣质牧草和不食草类增加。巴音布鲁克天山山地草场退化面积达450平方千米，占可利用草地面积的48％以上；塔里木河下游英苏以下草场因沙化已丧失放牧价值。滥采滥挖甘草、麻黄、贝母、罗布麻等药材，以及樵采梭梭、柽柳灌丛等，均严重损害了草地资源，导致草地植被逆向演替。目前，新疆天然草地有效利用面积48万平方千米，因超载过牧等造成的草场植被严重退化面积达8万～13万平方千米。
新疆森林资源贫乏，有林地面积1.52万平方千米，灌木林面积9 880平方千米。森林分布不均，山地占林业用地的61％，北疆天山北坡和阿尔泰山南坡森林占山地森林面积的88％。林种组成中，防护林占61.89％，用材林占22.07％，特用林占5.68％，薪炭林占5.22％，经济林占5.14％。这里的林种结构不合理，南疆广大农村缺乏能源。林业经营重采轻造，30年累计采伐森林850平方千米。伐区集中，采伐过量，采伐强度偏高。天山北坡森林面积仅占全疆山地森林面积的30％，但采伐面积却占森林总面积的69％。皆伐面积约占40％，伐后郁闭度不到0.3的疏林地占40％，而迹地更新仅330平方千米。过去减少的50多万平方千米森林（含灌木林）未能恢复。毁林开荒、偷砍伐、樵采等现象也未杜绝。
受人类活动的影响，艾丁湖、玛纳斯湖、罗布泊、台特玛湖现已干涸，湖区植被死亡，动物迁移或消失，形成严重的沙化区和雅丹地貌。随着兴修水库、截流引水灌溉农田等活动的扩大，因灌溉不合理和排水系统不配套，水库附近和灌区周围土壤发生了次生盐渍化和沼泽化，形成沼泽化和盐化草甸草地。不适当地大量垦荒屯田，过度利用水资源，也使河流流程缩短或断流。目前塔里木河下游基本断流，地下水位由20世纪50年代的3～5米降至80年代的11～13米。塔里木河水量逐渐减少，洪水泛滥和侧渗补给范围不断收缩，流域洪泛地草甸、沼泽化草甸和盐化草甸面积缩小，荒漠化程度加重。昔日塔里木河流域一望无际的葱绿草地，现多已变成荒漠景观，下游阿拉干以下至尾闾台特玛湖的河段很多已被流沙掩埋，70年代以来，沿岸草地已不复存在，演变为稀疏植被或盐碱滩。