1.农业主导产品粮食供需结构发生根本转变
由于受“以粮为纲”及“吃饱”的思想影响，每年粮食增长速度很快，结构不合理，且质次价高、品种单一，造成大量积压，农业增产不增收。随着人们生活水平提高，对粮食需求结构发生根本变化，更注重品种质量和营养，对“粗、次、劣”粮食需求减少。随着加入WTO，优质价廉的粮食进口比重增加，我国将不再面临“粮食安全问题”压力，而是农产品竞争的局面。
2.农业自然资源与生态状况不容乐观
农业资源总量大，但人均相对不足，分布不均。资源质量不高占多数，开发利用难度大。垦殖程度较高，土地资源承受压力大。四荒资源没有得到合理利用。占全国耕地总面积2/3的中低产田没有很好综合治理。由于农业资源过度利用，乱砍滥伐，盲目开垦及资源浪费现象十分严重，出现严重的生态问题，水土流失、荒漠化加剧，环境污染加深。
3.农业生产及农产品存在污染的危险性
大量的乱砍滥伐、毁林草种田，造成水土流失、土地荒漠化、大量生物种类消失。由于大量使用化肥农药、有毒物质，使土质下降，水、气资源污染加剧。盲目引进发达国家转移的高耗高污染产业，盲目发展采矿业、化工业、造纸业等，使生态环境日益恶化。县工业及乡镇企业点多面广，科技含量低，工业污染物排放量增多，毁坏资源。只追求产量、忽视质量而使用大量化学制剂，粗滥加工使粮食及农副产品出口检测超标受阻。城市大型工业企业排污治理差，三废直接排放，导致水资源污染、大气污染、土地污染，甚至蔓延到广大农村地区。
4.农产品质次价高，品种单一，竞争力差
农业主导产品粮食（小麦、玉米、大豆、水稻）、棉花、食油、糖及羊毛，质差、价高、竞争力差，出口量日益减少。肉、禽、水果、蔬菜、水海产品、中药材等具有一定成本和价格优势，以独、特、新、优价低占有少部份国际市场。绿色食品越来越引起国际市场的重视和青睐，其价格可均高于普通同类食品的50%～200%，但我国占有额很少。污染食品将受到越来越大冷遇与阻挠。1997年英国疯牛病及1999年比利时、德国、法国等国二恶英食品污染事件而丧失很多市场，中国出口食品及其他生活用品也常因污染使出口受阻。
5.加入WTO农业面临压力与机遇
加入WTO后国际贸易协议使我国农业生产面临巨大压力，不仅受国际市场主要农产品在品种、质量、价格的影响，而且由于降低关税和关税配额量增加，逐渐开放国内农产品市场，加重国际竞争及国内“卖难”问题的压力。加入WTO后，发达国家将削减农业补贴，国际农产品市场价格上涨，将增加进口产品外汇压力。国际市场对商品质量以及安全性、可靠性、卫生环保要求越来越高，绿色壁垒将成为最难突破的贸易壁垒。加入WTO后，我国农业利用关贸总协定及国际贸易原则参与国际市场，提高竞争力，充分利用国际农业资源。加入WTO必将加速我国农业向现代化发展，提高农业科技生产力发展优质高效农业及品质优良、门类齐全的绿色农产品。加入WTO后，我国生物物种多样性、农作物及畜禽品种多样性、绿色保健食品多样性将处于优势地位。