石河子大学建校最早的原石河子医学院前身诞生于1949年9月中国人民解放军解放新疆的进军途中。1996年4月，学校由农业部部属的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并组建。在长期办学历程中，学校始终与祖国同呼吸、共命运，党中央、国务院高度重视和关心学校发展，多次提出加大对石河子大学的支持力度。周恩来总理、陈毅副总理、贺龙副总理、王震副主席等党和国家领导人曾亲临学校视察；近年来，李岚清、刘延东、陈至立、周济、袁贵仁等领导相继视察学校，学校的发展建设得到了党中央、国务院各级领导的亲切关怀，成为植根祖国西北边疆的一颗璀璨明珠。
石河子大学始终坚持“立足兵团、服务新疆、面向全国、辐射中亚”的办学定位，以培养高素质复合应用型人才作为根本任务，稳步发展本科教育，大力发展研究生教育，积极推进留学生教育，构建了“多样化、高素质、强应用、重创新”的人才培养体系。先后培养各类毕业生近10万人，为兵团和全国农垦系统培训各类管理和专业人才近 20万人。学校成为屯垦戍边、建设边疆的重要力量，涌现出了拥有“百姓教授”称号的全国模范教师代江生教授和被胡锦涛总书记誉为“为人师表，品德高尚”的全国模范教师孟二冬教授（北大支教老师）。
石河子大学拥有经济、法、教育、文、历史、理、工、农、医、管理、艺术等十一大学科门类。学校下设21个学院，拥有5个一级学科博士学位授权点，涵盖23个二级学科博士学位授权点；23个一级学科硕士学位授权点，130个相关二级学科硕士学位授权点；9个专业学位授权点，78个本科专业，3个博士后流动站（科研工作站）。学校设有国家大学生文化素质教育基地和国家大学生创新实验基地，成立了国际教育中心，在哈萨克斯坦建设了孔子学院。现有国家重点学科1个和国家重点（培育）学科1个，省级重点学科13个和省级重点（培育）学科1个；有国家级教学团队3个、国家级精品课程4门、国家级特色专业5个、国家级实验教学示范中心1个、国家级双语教学示范课程1门；有省部共建国家重点实验室培养基地2个，教育部重点实验室2个，教育部工程中心2个，发改委国家地方联合工程研究中心1个，农业部重点开放实验1个，农业部培训基地1个，农业部工程中心1个，兵团重点实验室3个，自治区和兵团重点文科研究基地4个，是兵团和自治区重点科研基地。
石河子大学坚持“以服务为宗旨，在贡献中发展”的办学理念，积极为边疆经济社会发展服务，形成了“以兵团精神育人，为屯垦戍边服务”的办学特色。学校坚持走产学研一体化道路，发挥大综合、强应用的学科优势，在“荒漠绿洲区高效农业与生态、动物遗传改良与疾病控制、新疆地方与民族高发病防治、新疆农产品高效贮藏与深加工、新疆特种植物药资源与开发、化工绿色工艺及新型材料技术、新疆特色农业生产机械化技术与装备、兵团经济社会发展”等具有区位优势和特色的研究领域取得了突破性进展。近年来，学校主持国家“973计划”项目2项、国家“863计划”项目2项、国家科技支撑计划项目5项、国家哲学社会科学重大招标项目4项，立项省部级以上科研项目1738项，取得科研成果300余项，获省部级以上奖励200余项。目前，学校公开出版发行《石河子大学学报》（分自然科学版（科技核心期刊）和社会科学版）、《新疆农垦经济》、《农垦医学》、《兵团教育学院学报》五种学术刊物。
学校现有教职工2568人，专任教师1585人，其中特聘中国工程院院士2人、教育部“长江学者奖励计划”特聘教授2人、“绿洲学者”13人，有国家级教学名师1人、教授171人，副教授518人，获国家或省（部）级有突出贡献中青年专家称号24人，入选新世纪优秀人才9人，入选国家百千万人才1人，享受政府特殊津贴专家70人。学校面向全国31个省（市、区）招生，现有在校生32914人，其中普通本专科生23736人，国防生500人，硕士、博士研究生2673人。同时，先后从俄罗斯、韩国、巴基斯坦、哈萨克斯坦、塔吉克斯坦等14个国家招收留学生500余人。学校本科毕业生就业率连续多年保持在90%以上。近年来，学校先后荣获“全国普通高校毕业生就业工作先进集体”、“全国毕业生就业典型经验50所高校”等荣誉称号。
石河子大学拥有良好的教学、科研条件。校园面积183万平方米，校舍面积112万平方米，实验室面积16万平方米。拥有设施完善的图书馆、体育馆、游泳馆、田径馆、标准体育场、会堂、综合教学楼等一批标志性建筑。有附属医院4个，建筑面积34万平方米，床位数4200个，职工4741人。图书馆藏书290万册，有万方、维普、CKNI、Springer LINK、SDOS、NSTL等中外文电子图书、期刊数据库等数字资源30余种，珍藏有《四库全书》、《传世藏书》、《中华再造善本》等多部珍贵文献，是联合国粮农组织（FAO）藏书点，省级科技查新单位。学校校园绿化覆盖率达到43%，荣获了国家级“国土绿化突出贡献单位”、“绿化模范单位”、自治区级“卫生红旗单位、绿色大学”、兵团级“平安单位”等多个荣誉称号；自1998年以来学校连续五届荣膺“自治区文明单位”，2009年1月被评为“全国精神文明建设工作先进单位”，2011年12月被评为“全国文明单位”。
石河子大学广泛开展对外交流与合作，先后与美国、俄罗斯、白俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、新西兰、加拿大、澳大利亚、奥地利、日本、韩国等国家30多所大学和科研机构开展了多层次、宽领域的交流合作。学校积极拓展校际、校地、校企交流合作，先后与国内20余所高校签订了校际合作协议，与新疆兵团八师石河子市、九师、沙湾县等兵团、自治区多家单位签订了校地合作协议，与新疆天业、天富、伊力特、神奇集团等多家企业建立了校企合作关系。
乘着西部大开发和新疆跨越式发展的春风，石河子大学正处在历史发展的新阶段。中央新疆工作座谈会明确要求：要提高石河子大学服务经济社会发展和长治久安的能力。石河子大学肩负着更加重大的历史使命和社会责任，正朝着建设“西部先进，中亚一流，国际知名的有特色、高水平大学”目标迈进。