甘丹寺建在海拔3800米的汪固尔山顶。全寺由措钦大殿、绎孜扎仓、夏孜扎仓、赤多康及佛堂僧舍等50多组单元建筑组成，其规模之大相当于三个布达拉宫。
措钦大殿是讲经传法诵经之所，也是寺内最大的殿堂，可同时容纳三千多喇嘛在殿中诵经。殿中供奉的弥勒像与宗喀巴等铜造像巨大而精美。大殿后壁的左侧，有一小殿，室门上额有一组悬塑。殿内中间设有宗喀巴的法座。大殿内保存的佛前供品、幡饰以及顶帐等均为锦缎制成，大殿左侧的厢殿为该寺的护法神殿，殿内保存有清乾隆皇帝于1757年7月御赐给该寺一套自己穿过的、嵌有金银珠宝并有汉、满、蒙、藏四种文字的盔甲。在护法神殿及措钦大殿的外面天井前，有围廊三面，廊壁上皆有壁画。护法神殿的上层是宗喀巴灵塔殿。在灵塔上罩有圆形帐篷，据传为宗喀巴死后，准噶尔王赠与的。灵塔殿的上层是坛城殿及历代法台灵塔殿。坛城殿内只有坛城三座，历代法台灵塔殿中有银塔数十座。
赤多康是宗喀巴当年生活的地方，也是他圆寂的地方。在殿堂内靠墙处，砌有坐床一台，传说当年宗喀巴就是在此床上圆寂的。坐床的背壁，绘有释迦牟尼像，屋内设施全为明代风格。
甘丹寺内文物很多，最著名的是24幅相传为“唐绣”的丝制品。
甘丹寺有两个最重要的宗教活动，一个是宗喀巴圆寂周年纪念日，也就是藏历10月25日举行的燃灯节；另一个是藏历4月间在宗喀巴诞生周年纪念日举行的“唐绣节”。
燃灯节期间最热闹的一项活动是晒大佛，数百名僧俗群众把巨大的唐卡挂到护法神殿前面的晒佛台上，唐卡长20米，宽10米，在喇嘛的法号和成千上万群众的诵经声中，被慢慢地展开。“唐绣节”期间，展出寺内所藏的24幅“唐绣”为时3个星期。
1961年甘丹寺被列为全国重点文物保护单位,但在十年动乱中遭到毁灭性破坏.现在的甘丹寺是由国家拨款重建的。