萨边寺四周筑有朱红色围墙，墙上涂有红、白、黑三色线条，分别象征文殊观音、金刚手菩萨。这座建筑的外貌、屋顶、屋檐、墙壁都与北京著名的紫禁城建筑极其相近，但室内装修和各种雕塑、壁画则富有异国风情。特别是它的规模之宏伟，在西藏更是少见。
萨迦寺的主体建筑是大经堂。大经堂高20多米，长80多米，宽近70米，分4座殿堂。正殿内部有40根本柱支撑，其中有4根尤为粗大，直径均在1.3米左右，最粗一根3人才能合抱，名叫“加拉色钦嘎娃”，意思是“内地元朝皇帝送的柱子。”经堂内供有三世佛及萨迦班智达、八思巴的塑像。大殿后部及左右靠墙处，是高至大殿顶端的巨大古制木书架，藏有数十万卷的古代佛教经典。这些经卷，据专家考证，大部分是元代和元代以前的手写本；有的是用黑漆写的，有的是用金粉烫制的。这里有世界上“最大的经书”——《布德咖龙》，长1.34米，宽1米多，厚67公分，在翻阅时要4个喇嘛才能抬动。还有“最早的经书”——贝叶经，每片叶约4厘米长，4—6厘米宽，距今约2000年，有极高的学术价值和历史价值。这些典藉除了宗教内容以外，还涉及天文、历算、医学、人物传记、哲学、音乐、文法、修辞学等各个方面。
萨迦寺内珍藏着各种文物，有自元朝以后历代皇帝赐给西藏地方僧俗要人的封诏、朝服、金印、佛像、法器、经典等。寺内还藏有2000余块印经板和众多法王遗物，保留了大量元代壁画和元代蒙古兵土的铠甲、兵器。
萨迦寺所保藏的文化古迹，无论在价值上还是在数量上都可被称为我国的第二敦煌。