兴隆寺长109米，宽63米，四周围用玄武岩石砌成。主体建筑由5层正殿组成，依次为马殿、关帝殿、天王殿、大雄宝殿和三圣殿，均排列在一个中轴线上，气势轩昂，雕梁画栋，又有朱栏回廊映带左右，勾连前后，浑然一体。大雄宝殿是全寺的主要建筑，为九脊庑殿式建筑，是黑龙江地区仅有的清初木构斗拱建筑。5 重殿经修缮彩绘，仍保持了原貌，现已辟为历史文物展览馆。
在三圣殿和大雄宝殿之间，矗立着一座大型石雕石灯幢。殿前有重修南大庙碑记和渤海国时期的大型佛教石刻。
石灯幢，又名石灯塔，石浮雕，距今已有1000多年的历史，仍然完整无缺，成为我国极为珍贵的文物。石灯幢高6米，用12块玄武岩雕凿而成。全幢由塔刹、 相轮、塔盖、塔室、莲花托、中柱石、莲花座和底座组成。塔盖形如亭榭，八角八面。 塔室的八面刻有8个长方形窗孔，大窗孔上方还有8个小窗孔。塔基上有莲花座，莲花座是覆莲，均刻3瓣花片，层层重迭，犹如巨莲盛开。塔座上是圆柱形柱石，支托着一个花瓣向上繁开的莲花石托，莲花为仰莲。据说在我国只有两个石灯幢，另一个在西安，来宁安观光访古渤海的游人无不到兴隆寺看上一眼石灯幢。
兴隆寺内还保存着一座珍贵的虽哈纳墓碑，碑高约2．5米，宽约1米，并刻有康熙诰命，满汉文字对照，具有较高的历史价值。