（二）实行“七统一，两独立”。
“七统一”即：在行政、人员、业务、财务、药品、工资、绩效考核等七个方面加强规范管理；“两独立”即：村卫生所（室）实行法律责任和财务核算独立。
1、行政管理。
（1）市卫生局管理职责。市卫生局统一领导全市乡村一体化工作，制定出台工作制度、管理制度、乡村医生工作职责等各项规章制度。
（2）乡镇卫生院管理职责。乡镇卫生院负责对本乡镇卫生工作统一规划、统一安排、统一检查、统一考核，对村卫生所（室）实行统一管理。乡镇卫生院聘任村卫生所（室）长，聘期一年，实行目标管理。乡镇卫生院协助卫生局打击和取缔本辖区内无证行医、乡村医生所外行医等非法行医行为。
2、业务管理。
（1）乡镇卫生院统一部署、安排上级业务部门下达的各项工作任务。要加强对村卫生所（室）人员进行指导和培训。
（2）乡镇卫生院要带领和指导村卫生所转变服务模式，贯彻落实预防为主的卫生工作方针，组织医务人员实行上门服务和主动服务，加强对农村居民的健康管理。
（3）乡村两级医疗机构要为农村居民提供规范的国家基本公共卫生服务，协助专业机构落实重大公共卫生项目。
（4）要严格加强乡村两级医疗质量管理，建立健全村级卫生机构的门诊登记、处方书写、药品使用等规章制度和业务技术规范。
（三）财务管理
乡镇卫生院和村级卫生机构要严格执行国家规定的财务会计制度，规范会计核算和财务管理，加强对经济活动的控制和监督。
（1）市卫生局职责。要加强对乡镇卫生服务一体化管理财务工作的业务指导和收支审计。
（2）乡镇卫生院职责。统一管理各村卫生所（室）的业务收入、社会保障和固定资产，实行“村财乡管村用”。设立村卫生所(室)总帐和分帐，对各个村卫生所（室）的财产、物资要进行登记造册，建立健全固定资产、药品调拨和业务收支帐册。公开医疗服务收费项目及其价格和药品价格，对各村卫生所（室）实行统一的收费标准、收费收据，做到收费价格公开，票据齐全。
（3）村卫生所职责。自觉接受乡镇卫生院财务监管。财务实行独立核算。从业务收入中统一提取卫生事业发展统筹资金，用于支出村卫生所（室）的房屋租赁、办公用品、取暖费、水电费、交通费等相关费用。
（四）药品管理
乡镇卫生院和村卫生所全部实施基本药物制度，实行集中网上采购和零差率销售，村卫生室实施基本药物和非基本药物双轨制。村卫生所（室）定期向乡镇卫生院报送药品采购计划，由乡镇卫生院负责供应，禁止从非法渠道购进药品。村卫生所（室）要建立真实完整的药品购销、验收记录，不得擅自扩大用药范围，要按照基本药物临床应用指南和基本药物处方的要求，规范、合理使用国家基本药物和省增补基本药物，严格控制门诊输液和抗生素、激素的使用。对于不认真执行规定药品销售私自加价的，一经发现，进行处罚；乡村医生不得私自进购药品，一经发现，将给予严肃处理，并按相关法规严肃查处外，同时取消其乡村医生聘用资格。
（五）工资管理
乡镇卫生院统一核算、管理和发放乡村医生工资，乡村医生工资由公共卫生服务、基本药物补助和诊疗活动收入三部分组成。
公共卫生服务性收入，根据承担的公共卫生服务项目及完成情况、个人的工作能力、业务技术水平、兼顾绩效考核取得；基本药物补助按销售额比例补到人头；诊疗活动收入根据村卫生所（室）诊疗次数获得相应比例的一般诊疗费。此外还包括中医药收入等其它收入。乡镇卫生院统筹本乡镇村级医疗卫生机构业务收入用于支付乡村医生工资和村卫生所（室）业务支出。