正式要求日方道歉
实际上，马英九是在此次事件发生后的第七天才正式对外发表看法。
除表示钓鱼岛自古以来就是中国领土外，据台湾媒体报道，马英九还表示，应通过和平手段解决争议，未能解决才应考虑非和平手段。另外马英九还要求日方赔偿及道歉。
此前，日本政府发言人、内阁官房长官町村信孝表示，日方已向台湾地区和船长等表示遗憾。
对于此次马英九迟迟未出面表态，黄锡麟表示自己非常理解，“不能硬干。现在已经说明我们的抗议起到效果了，这在以前是没有过的。”
在接受采访时，厦门大学台湾研究所教授孙云表示，此次事件发生在两岸关系出现重大转机的敏感时刻，但只是在敏感时刻爆发的偶然事件。“过去陈水扁当局在钓鱼岛问题上表现软弱。过去8年中，日本军舰骚扰台湾渔船的事件也时常发生，但不像这次在岛内产生这么大的反应。可以说，这是绿营方面推波助澜的一个结果。”孙云教授表示，“民进党在此事发生后的反应，可以说与以前大相径庭。陈水扁时期一贯的软弱态度来了个180度转弯，民进党的一些人士一起对马英九的沉默进行鞭挞，说到底还是从政党利益出发而采取的行为。”
专家称事件能和平解决
“此次事件应该是能够得到和平解决，这是中日关系的大格局所决定的。可以说，马英九这次能安然渡过此难关，并非是马英九英勇神武，而是日本有求于已经和平崛起的中国，不愿搞僵彼此间关系，故而投鼠忌器。”孙云教授说，这一事件再次表明，台湾地区及人民要在国际上“强”起来，只靠自己的乱闯苦干是不行的，还得依靠在国际上已经和平崛起的祖国大陆。
也正因为如此，台湾地区一些立委和保钓人士搭乘“全家福号”前往钓鱼岛海域宣示“主权”的活动，日本海上保安厅舰艇就表现得异常克制，其拦阻行为并没有像以往那样强势——直接以舰体拦阻，及派出直升机低飞广播进行警告，而是在“全家福号”突破防线后，只是以舰艇紧跟监视。“这就显示，日本根本不想因钓鱼岛事件激怒中国政府，进而影响中日关系。”