多重因素的顾虑
一边是青藏高原怒江、澜沧江、金沙江、雅砻江、大渡河1000亿立方米的可供调水量，不可谓不诱人；另一边是西部地区复杂的地理地貌和脆弱的生态环境。
兰州大学资源环境学院的一位专家认为，这种大的工程一定要尊重自然规律，而不能武断地将人为的结论强加于大自然。同时，要因势利导，利用好自然提供的各种便利，尽可能地节约成本，最大限度地减少对生态的破坏。
刘同心认为，这种大工程应处理好调水区人与自然，工程与生态、社会、民族、宗教、文化等诸多方面的关系。
其实，就在去年底，中国水利和水资源界的核心专家、三位院士钱正英、潘家铮和沈国舫，已经向国务院总理温家宝提交了一份名为《关于南水北调西线前期工作的建议》。他们认为，西线工程应综合考虑的因素涉及到技术、生态、环境和社会等方方面面，问题较为复杂，所以应在取得了社会的广泛认同之后再启动。
据上述发改委官员称，这三位专家是水利部和黄委会西线工程方案的主要形成者。
在此前接受本报记者采访的兰州大学资源环境学院博士生导师马金珠最为关心的是河西走廊沙漠化治理的水资源节控问题。
根据甘肃省有关官员提供本报资料，建国后我国新形成的沙漠化土地面积为3848平方公里，西北地区10%的土地处于沙漠化状态，甘肃河西走廊、内蒙古和新疆为其中的重灾区。
陈清波也指出沙漠化的问题，他认为西线工程应将该因素考虑在内，实行将黄河上游225亿立方米径流量分输给西北地区和从三峡水库每年引调400亿立方米给华北平原的方式，来缓解此类问题。
但是，马金珠认为，不能寄希望于大规模的调水来试图解决沙漠化和荒漠化问题，而是应该科学利用河西走廊黑河与石羊河全流域的水，着重是水资源管理方式而非水源和水量的问题。他认为，采取黄河注水的方式容易造成水资源过度蒸发引起的浪费，同时不利于两河流域目前的用水乱局的治理。
香港乐施会兰州办事处负责人、博士丁文广也认为，解决沙漠化问题的根本途径不在于调水，而在于利用好现有水源。
不过，来自生态方面的顾虑尤为突出。有学者认为，西线工程对于区域生态完整性、湿地和自然保护区的植被与珍稀动植物、干旱河谷区区域气候等容易造成影响。