地球表面海洋面积占２／３以上，陆地上到处还有江、河、湖、沼等水体。不论咸水或淡水，面积或大或小，其中都生活着大量的生物有机体，不停息地进行着能量和物质的转换，形成各种不同的水生生态系统。
与陆地生态系统相比，水生生态系统的环境因水具有流动性，广大水域比较均一而较少变化，并且很少出现极端情况，使许多水生生物具有广泛的地理分布，系统的类型也因此而比陆地少。根据水化学性质不同，可分为海洋生态系统和淡水生态系统。
但是，各种水体以及同一水体的不同部分，条件也不完全一致，形成不同的生境，生活着各种不同的水生生物。一般将水体沿垂直方向分成深水层、中水层和表水层三部分，生物也被相应地分为几个生态类群：底栖生物、自游生物、浮游生物与漂浮生物（图 ８－３６）。
水生生态系统的大多数第一性生产者是各种浮游藻类，它们的体积小而表面积大，适于浮游。由于个体小，新陈代谢能力强，大部分能量用于维持生命和进行繁殖，所以海洋等水生生态系统的总生产量虽然较高，但净第一性产量较低，以及浮游植物寿命短，一部分个体死亡后很快被微生物分解，另一部分被植食动物所滤食，因此积累的现存生物量很少，常出现颠倒的生物量金字塔，即较高营养级（如鱼类）的生物量大于生产者的生物量，这是陆地生态系统不曾出现的特征。