70年代按＞5km2标准统计，西北区只有50余个湖泊，总面积约为9000km2。目前估计湖泊数已减至 30余个，总面积至多不超过5500km2，仅占全区面积的29‰略多，可以说是数量少而面积小。绝大多数湖泊分布在新疆，甘肃宁夏均寥寥无几。但是西北区湖泊却颇具特色：
1．成因类型复杂。除各地常见的断陷湖、沉降湖、堰塞湖、河迹湖外，还有冰川湖和风蚀湖。冰川湖主要分布在各山地第四纪冰川和现代冰川作用区，又分冰蚀湖和冰碛湖等类，通常面积很小。阿尔泰山喀纳斯湖海拔 1370m，面积45km2，由冰碛物阻塞冰川U形谷积水而成，堪称冰川湖的典型代表。近年已被辟建为生态旅游区。70年代通过卫星图像在西昆仑山发现了新的冰川湖，即支谷冰川前进阻塞主谷，冰川本身作为坝体形成的湖泊。这种冰坝极易被消融从而造成溃决，使下游发生洪灾。
2．游移与交替。在中国西北地理研究史上，游移湖一词的出现，最初是由于对罗布泊与台特马湖关系的误识，但是这并不构成否认干旱区某些湖泊具有游移性的依据。1877年，普尔热瓦尔斯基在其第二次亚洲中部旅行时，误将台特马湖当作罗布泊，并指摘中国地图上罗布泊的位置北偏了一个纬度，从而引发了关于该湖位置自19世纪80年代，至20世纪30年代初长达半个多世纪的争论。1930—1931年，中瑞考察团在罗布泊地区开展地形测量，并对最新沉积物进行了研究。其后，陈宗器
纬40°线两侧的观点。又过了半个世纪，我国学者凭借实地考察和卫星图像，最终推翻了罗布泊游移至台特马湖之说。但是，前人的研究和卫星图像中由古湖岸线形成的“耳轮”分布于东岸的事实证明，罗布泊中心确曾长期西移。
玛纳斯湖是游移与交替更为典型的例证。玛纳斯老湖又称帖勒里湖和艾兰湖，早在20世纪30年代之前就已消失。M．B．别夫佐夫和B．A．奥布鲁切夫在20世纪初都曾报道过该湖长达28km，湖水浅，湖岸丛生芦苇。由于有霍尔河作为出口，故湖水为活水和淡水。20世纪40年代初C．维亚洛夫在此考察期间，居然乘汽车从北岸经黑色砾质，并有“广泛的激浪标志”的干涸湖底，向南深入很远。学者们认为，最近干涸发生于1915—1930年，几乎与老湖消失同时，玛纳斯新湖（依赫哈克湖）就出现了。它位于老湖以东，呈南西一北东向延伸，20世纪50年代中期长100km，宽15～20km，湖面海拔259.62m。研究者还发现，新湖北岸有高出湖面20m，5m～7m的阶地，表明该湖已有相当历史，新老湖的交替绝不止1915-1930年这一次。
对于以含沙量较多的山区河流为补给来源的干旱区浅湖而言，湖床加积作用强烈，入湖河道摆动幅度较大，游移和交替都是正常现象。
3．干缩、解体与消亡。西北区的湖泊，除了赛里木湖近数十年水位显著上升这一极个别事实外，绝大多数都经历了干缩、解体以至最终消失的过程。新老玛纳斯湖的前身曾是一片广阔的水域，极盛时期的古罗布泊曾西至东经88°，东部接近东经93°，其沉积物后来成为分布于罗布洼地周边地区雅丹地貌的物质基础。20世纪 30年代湖面积尚有 2 450km2，50年代以后急剧干缩，并最终于70年代初消失。类似的例子很多，以至罗布泊、台特马湖、玛纳斯湖、西湖（安西）、猪野泽（民勤）……作为湖名都已成为历史名词。一些面积比较大，暂时没有完全干涸的湖泊，同样发生了水位降低和湖面缩小的情况。艾比湖岸有50m和20m的两级阶地，而仅仅在20世纪50年代的头五年，其水位又下降了5m。艾里克湖东岸也有高出湖面55～60m，30～35m的两级阶地，这些事实使一些学者预言，它们都已处于发展的最后阶段。
湖泊的长期变化涉及地质构造、气候变迁等多方面的原因。但其近期水位下降乃至干涸，显然与其供水河流沿途用水量愈来愈多和地表水、地下水补给量逐年减少，湖水量处于负平衡密切相关。半个世纪以来，西北区尤其是北疆、南疆及河西走廊，耕地面积与人口都已成倍增长，农业、城市及居民生活用水也相应增加，人为因素已成为湖泊干缩乃至消失的主要原因之一。塔里木河三大源流多年平均自然来水量，在20世纪50年代中期至90年代中期，约为178.96×108m3，没有出现大幅度锐减的现象，而干流上段水量却从 56.2×108m3减至39.4×108m3，干流下游段更从15.6×108m3减到3.1×108m3。这个例子具有广泛的代表性。
没有必要过分悲观地对待干旱区一些湖泊干涸的现象。猪野泽和昌宁湖的消失曾使民勤绿洲和金昌市北部绿洲得以扩大，玛纳斯新湖干涸后也有部分湖床变成了绿洲；罗布泊没有了，却留下一个储量十分丰富，并为我国急需的钾盐矿。问题在于，当人类活动愈益显著地影响干旱区湖泊的存亡时，我们必须认真审视这类活动是否符合可持续发展原则，并及时采取相应的措施。
4．富有开发价值。西北区湖泊蒸发作用强烈。据估算，新疆湖面蒸发量每年达90～100×108m3。内陆湖通常有很高的矿化度，这些盐类是干旱区宝贵的矿物资源。仅以罗布泊为例，20世纪90年代中期就已发现，湖水干涸后，埋藏于地下面积达 1300km2的超大型钾盐矿，其储量约2.5×108t，居我国首位。此外还有氯化钠、氯化镁等。另一类湖泊矿化度较低，如新疆最大的博斯腾湖，沿岸生长芦苇，年产10×104t，还有貂皮、麝鼠皮等出产。其鱼产量曾一度占新疆的30％。实际上，新疆大多数湖泊除有哲罗鲑、细鳞鲑、白斑狗鱼、西鲤、银鲫、贝加尔雅罗鱼等10余种当地鱼外，1958年以后还从国外、区外引进梭鲈、鲤、东方真鳊等鱼种。第三类湖泊则极富旅游观光价值，新疆天池、甘肃文县天池、喀纳斯湖、赛里木湖等山区湖泊，都已成为旅游胜地。