蕨类植物和人类的关系非常密切，除形成了煤炭的古代蕨类植物，为人类提供大量能源外，现代蕨类植物的经济利用，也是多方面的。
1.医药上的应用 我国劳动人民很早就用蕨类植物来治病。明代李时珍的《本草纲目》中所记载的，就有不少是蕨类植物。到目前为止，作药用的蕨类，至少有100多种。例如，用海金沙治尿道感染、尿道结石；用卷柏外敷，治刀伤出血；用江南卷柏治湿热黄疸、水肿、吐血等症；用阴地蕨治小儿惊风；骨碎补能坚骨补肾、活血止痛；金毛狗的鳞片能止刀伤出血；槲蕨能补骨镇痛，治风湿麻木；贯众的根状茎可治虫积腹痛、流感等症，亦用作除虫农药；乌蕨在民间作治疮毒，及毒蛇咬伤药等等。
2.食用 早在我国周朝初年，就有伯夷、叔齐二人采蕨于首阳山（今陕西省西安市西南）下，以蕨为食的记载，可见我国劳动人民早已开始食用蕨类了。被人们食用的种类有蕨、菜蕨、紫萁以及莲座蕨目的大部分种类。蕨的根状茎富含淀粉（称为蕨粉），它的营养价值不亚于藕粉，不但可食，也可酿酒；蕨的幼叶有特殊的清香美味，但在食前须先用米泔水或清水浸泡数日，除去其有毒成分，炒食或干制成蔬菜。美国就有很多上等餐馆，向国外购买嫩蕨叶（通常称为绿提琴头）作为高级食品以飨客。紫萁、菜蕨、水蕨等幼叶，也常常被当作蔬菜食用。
3.工业上的利用 许多蕨类植物，也是工业生产上的重要原料。石松的孢子可作为冶金工业上的优良脱模剂，将孢子撒在机器铸件模具的壁上，可以防止铸液沾附在模子的壁上，使铸件的表面光滑，减少砂眼；还可在火箭、信号弹、照明弹等各种照明制造工业上，作为引起突然起火的燃料。木贼含硅质很多，可代替砂皮摩擦木器和金属器械，是极好的磨光剂。
4.林业生产上的指示作用 如前所述，许多蕨类植物可以作为营造和发展各种林地的指示植物。如长江以南地区要发展适宜酸性土壤的茶树和油茶等亚热带经济林木时，就可以根据天然植被中，生长芒萁、里白、狗脊蕨、半边旗、石松等蕨类的地方，作为选择的营造林地。要寻找喜钙植物林地，可选择碎米蕨、肿足蕨、铁线蕨、肾蕨等喜钙蕨类生长的地方。又如生长有桫椤、莲座蕨、鸟巢蕨、崖姜、地耳蕨等属蕨类的地区，是热带或亚热带潮湿气候的标志。生长绵马的地区，则是亚寒带或北温带气候的标志。所以有许多蕨类，可作为气候的指示植物。
5.农业上的利用 有些蕨类植物是农业生产中优质饲料和肥料。例如，满江红是很好的绿肥，其干重含氮量达4.65%，比苜蓿还要高，也是猪、鸭等家畜、家禽的良好饲料。蕨、里白和芒萁的叶子富含单宁质，不易腐朽，质地坚实，容易通气，用它垫厩，不但可作厩肥，还可减少厩圈病虫害的孳生；也是常绿树苗蔽阴覆盖的极好材料。
6.观赏 很多蕨类体态优美，有观赏价值。目前在温室和庭院中广泛栽培的有肾蕨、铁线蕨、卷柏、鸟巢蕨、鹿角蕨、桫椤、槲蕨等。另外，像银粉背蕨、乌蕨、松叶蕨、千层塔、江南卷柏、翠云草、阴地蕨、阴石蕨、黄山鳞毛蕨、水龙骨等等，都是千姿百态，为良好的观赏植物。