长江河口和长江三角洲岸线的历史变迁十分复杂，除自然因素外，也深受人类活动的影响。
（一）长江河口的变迁
据钻孔资料，在距今5000—6000年的全新世中期高海面时期，长江河口在扬州、镇江一带。直到西汉（距今2000年左右），河
口仍在扬州、镇江附近，当时河口附近的江面宽达20多公里，海潮可上溯至此，形成汹涌的涌潮，即历史上所称“广陵潮”，今扬州以南瓜洲古渡口的高岗上尚有观潮阁。当时潮波影响范围可上溯到九江。在今潮区界大通的上游直线距离200多公里。当时，整个长江口是一个三角湾，形状大致与今杭州湾相似，近似喇叭形，喇叭的外口约在如东（掘港）与王盘山（杭州湾中）之间，直线距离达180公里。这种形势直到唐代中期（公元8世纪）还没有很大变化，当时长江中焦山北面的一个礁石被称为“海门山”、说明当时人们把这里作为长江的入海口，即表明长江三角湾的内口（缩口）当时仍在扬州、镇江附近。这是因为长江流域虽然也是我国古代文化发祥地之一，种植稻谷已有四、五千年以上的历史，但唐代以前人口较少，农业发展不大，自然植被保存较好，水土流失较少，长江输沙量不多，故长江三角湾的内口向海推进很慢。唐代中期以后，由于大量人口从北方移入，长江流域农垦范围日益扩大，长江泥沙增多，把三角湾逐渐淤填，于是长江口遂演变为目前的形状。
现在长江口的河道3级分汊：即由崇明岛分为南支和北支，南支由长兴岛和横沙分为南港和北港，南港再由九段沙分为南槽和北槽。长江口的这些岛屿和沙滩都是长江带来的泥沙淤积而成的。崇明岛面积1086平方公里，是我国第三大岛。它是公元7世纪初（唐初）才开始形成的，那时长江河口出现的东沙和西沙两个小沙岛，这便是崇明岛的前身。以后由于长江泥沙淤积和人工围垦，面积迅速增大，长江口河道的3级分汊也逐渐形成。到1958年，崇明岛面积已有608平方公里。1958年以后，主要由于有计划地大规模筑堤围垦，面积扩大更快，目前已达1086平方公里。长兴、横沙等沙岛则形成时间较晚，至今只有100—200多年的历史。长兴岛是长江口第二大岛，是近年来经人工围垦、堵汊，合并若干小沙岛而成的，面积87.8平方公里。该岛因四面环水，冬季温暖，最低气温比上海市其他郊县一般高出2℃左右，现已发展成为上海市种植柑桔的基地。
18世纪以前，长江径流大部由北支入海，18世纪以来，长江径流改道主要由南支入海，但直到本世纪初，尚有25％的长江径流通过北支下泄。至本世纪中叶，长江口水动力条件发生明显变化，北支成为以涨潮流占优势的河槽，长江径流除汛期有少量进入北支外，一般已不进北支，使北支日益淤浅，渐趋衰亡，海轮早已不能通航。反之，涨潮时，潮水却带着泥沙、盐水通过北支向南支倒灌，不利于南支航道的整治，盐水还影响黄浦江口的水质。因此，最近计划堵塞北支，以改善长江口环境，同时并可新增宝贵土地85万亩。
（二）长江三角洲岸线的变迁
由于长江大量泥沙在河口不断淤积，长江三角洲岸线总的来说是不断地向海推进的，但推进速度却因时、因地而有较大差异，即历史上各个时期的伸展速度不同，同一个时期内，不同地区的伸展速度也不同，个别地方（如大金山、小金山）不但没有向海淤进，反受侵蚀，从陆地沦入海中。过去了文江等提出的几千年来长江三角洲岸线每60年或69年推进1英里的说法，是不正确的。
据14C测年和考古文物，长江三角洲最古的海岸线大致形成于距今6500年前。目前，在上海与太湖东部平原间有一系列狭长的平行的贝壳沙堤，大体呈北北西-南南东走向延伸，北起常熟市的福山（长江南岸），南迄漕泾（杭州湾北岸）。这些贝壳沙堤的组成物质主要是细沙和现在生活在潮间带的贝类生物，如蓝蛤、毛蚶等，它们是在海滨激浪作用下，被搬到古海岸上堆积的，故贝壳沙堤大致代表当时古海岸线的位置。在长江三角洲，这些贝壳沙堤一般高出附近平地，当地称为冈身（因地势高爽）。它们在吴淞江以北自西至东共有5条，吴淞江以南有3条。冈身的年代最西1条最老，大约为距今6500—6000年，最东1条最新，大约为距今3000年。冈身之间则为低洼的泥质平原。整个冈身地带（包括冈身间的泥质平原）的宽度仅4—8公里，但其形成却历时3000年之久。换言之，即在距今6000年至距今3000年间，海岸线一直停留在宽4—8公里的冈身地带，那时，长江三角洲岸线的伸展率平均每年仅1.3—2.7米。
据谭其骧考证，公元4世纪时（东晋），长江三角洲岸线还在冈身地带附近，但此后海岸线即迅速向东推进。从4世纪到12世纪，约900年间，海岸线从冈身地带东侧推进到里护塘（宋代所筑海塘）一线，向海伸展达30余公里，平均每年伸展30余米，比冈身地带要快10—20余倍。
东晋以前与以后，长江三角洲的成陆速度之所以相去悬殊，主要是由于东晋以前长江流域人口较少，自然植被保存较好，长江来沙量较少，故海岸线能维持在冈身地带附近达4000多年之久。东晋以后，特别是隋唐以来，北方移民大量涌入长江流域，开发山区，植被遭受破坏，长江来沙量大增，故三角洲岸线伸展速度也大大增加，这与上述长江口演变历史是相吻合的。但12世纪以后，里护塘以外的成陆速度又变慢，这可能与长江主泓改由南支入海，长江南岸经常受到冲刷，而泥沙则较多地沉积在北岸及江心沙洲有关。另外，里护塘向东即为南汇咀，三角洲东端突入海中，水深、浪大、流急，泥沙难以停积，故造陆速度自较里护塘以西为慢。
应当指出，由于长江口水动力条件变化复杂，长江三角洲海岸的某些地区在最近几百年内不仅没有向海淤涨，反而受侵蚀后退，甚至沦入海中。例如，由于长江大溜改走南支以及科氏力的影响，长江三角洲的长江南岸太仓至外高桥一带江岸，在近四、五百年来受到严重冲刷，不仅没有涨出，反而被蚀坍入海中。如宝山旧城1412年（明永乐10年）筑城时距海30里，1582年（明万历10年）被海潮冲没，其遗址距现在海塘不到2里。现在这一带江岸仍受强烈冲刷，建有坚固的江堤和丁坝群来防护。崇明岛国近年长江大溜改走南支，海岸一直北涨、南坍，故已围垦区及国营农场主要在北岸，南岸则筑有护岸丁坝群。
长江三角洲海岸南临杭州湾，沿岸潮流很强，流速最大可达每秒2米以上，海岸和潮滩目前均受到强烈冲刷。这里的金山和金山城12世纪中叶（南宋初）以前尚为陆地，后海岸受冲刷坍没入海。金山一名大金山，在目前金山咀东南7公里海中，小金山在大金山西北约2公里。杭州湾中的王盘山现在是海中的一个孤岛，但东晋时亦在陆上，后不知何时沦入海中。
上海市位于长江三角洲东端，近年陆地淤涨速度较慢，因土地资源紧缺，自50年代起大力围滩涂浅海造陆，至今共新增土地570余平方公里，相当于上海市总面积的9％，其中仅崇明岛就围了480多平方公里，占该岛总面积的45％左右。1990年起，又在崇
明岛东端淤涨最快的东滩兴工围地9.5万亩，计划1994年完成。上海市新国土地除供农业用外，也作工业、交通用地，如金山石化总厂的用地就是围滩涂得来的。这是最近时期人类活动对长江三角洲发育的影响。