一、比较解剖学的例证
动物的演化反映在形态结构上，比较各类动物的体制结构不难找到他们之间的进化线索与亲缘关系。
同源器官（homologous organ）是指不同类群动物的某些器官有时在外形上不同，功用也不同，但其基本结构和胚胎发育的来源上却相同。例如脊椎动物的前肢、如鸟翅、蝙蝠的翼、鲸的鳍状肢、狗的前肢以及人的手臂等（图22-3），它们在外形和功能上很不相同，但内部结构却很相似，在胚胎发育中有共同的原基与过程。这种一致性可以证明这些动物有共同的祖先，其外形的差异则是由于适应不同的生活环境，执行不同的功能造成的。哺乳类中耳中的3块听小骨（镫骨、砧骨和锤骨）和其祖先的一部分咽弓（舌颌骨、方骨和关节骨）也是同源器官。3块听小骨是传导声波的装置，而在鱼类与镫骨同源的舌颌骨作为悬器将颌弓连于脑颅，与砧骨和锤骨有同源关系的方骨和关节骨在爬行类中却是上、下颌的组成部分。又如陆生脊椎动物的肺与鱼类的鳔的同源关系可以从肺鱼的鳔循环看到它们的同源线索，从胚胎发生上看，鳔与肺均由原肠突出形成。
与同源器官相对的是同功器官（analogous or-gan）。同功器官是指在功能上相同，有时形状也相似，但其来源和基本结构均不同。例如蝶翼与鸟翼均为飞翔器官，但蝶翼是膜状结构，由皮肤扩展形成，而鸟翼是脊椎动物前肢形成，内有骨骼外有羽毛。又如鱼鳃与陆栖脊椎动物的肺，均为呼吸器官，但鱼鳃鳃丝来自外胚层，而肺来自内胚层。
痕迹器官（vestigial organ）的存在对动物的进化提供了最有意义的证据。痕迹器官是指动物体或人体中一些残存的器官，它们的功用已经丧失或极小。例如鲸类残存的腰带证明其为次生性转变为水栖的哺乳类，其祖先应是陆生哺乳动物，从最原始的鲸化石的头骨和牙齿与古食肉类的相似可以说鲸可能是由古食肉类适应辐射进入水生的一支。同样，从蟒蛇泄殖腔孔两侧的一对角质爪和退化的腰带的存在证明其祖先应是四足类型的爬行动物。
人体的许多痕迹器官（图22-4）的存在，如极为退化的盲肠与蚓突，已失去消化功能。分节的腹直肌为原始肌肉分节现象的残遗。又如眼角的瞬膜、动耳肌、尖形的犬牙、体毛、男性的乳头和小的尾椎骨等痕迹器官的存在也只有用进化的观点才能合理的解释，人类是由具有这些器官的动物进化而来，这些器官在祖先动物的身上是有用的，只是后来因无用而退化了。
