（1）以保护完整的综合自然生态系统为目的的自然保护区154处（附录一，表1）。如吉林省的长白山自然保护区，以保护温带山地生态系统及自然景观为主；陕西省的太白山自然保护区，保护中国典型的暖温带生态系统；福建省的武夷山自然保护区，以保护亚热带生态系统为主；云南省的西双版纳自然保护区，主要保护热带自然生态系统。
（2）以保护某些珍贵动物资源为主的自然保护区72处（附录一，表2）。如黑龙江省的七星砬子自然保护区，以保护珍稀濒危动物东北虎为主；四川省的卧龙和王朗等自然保护区，以保护珍稀动物大熊猫为主；四川省的铁布自然保护区，保护稀有动物梅花鹿等。
（3）以保护湿地和湖泊珍禽为目的的自然保护区30处（附录一，表3）。如黑龙江省的扎龙、吉林省的向海、江苏省的盐城、江西省的鄱阳湖、贵州省的草海、青海省的鸟岛等自然保护区，均以保护珍稀水禽丹顶鹤、天鹅、黑颈鹤等为主。
（4）以保护珍稀孑遗植物及特有植被类型为目的的自然保护区 148处（附录一，表4）。如广西的花坪自然保护区，以保护具有珍贵化石植物银杉为主的亚热带常绿阔叶林为主；黑龙江省的丰林及凉水自然保护区，主要保护贵重的红松母树林；甘肃的昌岭山、寿禄山等自然保护区，主要保护青海云杉；福建省的万木林自然保护区，主要保护中亚热带常绿阔叶林。
（5）以保护自然景观为主的自然保护区和国家公园26处（附录一，表5）。如四川省的九寨沟、缙云山自然保护区；黑龙江省的镜泊湖自然保护区；江西省的庐山自然保护区及台湾省的垦丁国家公园等。
（6）以保护特有的地质剖面火山遗迹及特殊的地貌景观为主的自然保护区20处（附录一，表6），主要有黑龙江的五大连池自然保护区，以保护近期火山喷发形成的火山遗迹和自然景观为主；台湾省的太鲁阁保护区，保护珍贵的大理石峡谷；山东省的山旺化石自然保护区，保护重要的化石产地；四川省的黄龙寺保护特异风光的石灰华，以及天津的蓟县地质剖面自然保护区等。
（7）以保护沿海自然资源及自然环境为主要目的的自然保护区21处（附录一，表7），主要有台湾省的淡水河口保护区、关渡自然公园，广东省的内伶仃岛—福田，广西壮族自治区的山口，福建省的龙海以及海南省的东寨港和清澜港等自然保护区，均为保护海涂上特有的红树林自然保护区。
需要指出的是，这种分类方法具有一定的相对性，主要是为了叙述上的方便。实际上，大部分自然保护区都具有多方面的属性。例如，卧龙自然保护区虽以保护大熊猫为主，但它茂密的森林及其他珍贵动物也在保护之列，是一个完整的生态系统。