加强自然保护区建设的另一重要问题是要健全管理机构，明确管理职责。
中国自然保护区的管理体制比较紊乱，今后要实行归口管理，分工负责。国家重点自然保护区设自然保护区管理处，少数面积较大的可设自然保护区管理局。省级自然保护区可根据实际需要设置自然保护区管理处或管理科，县级自然保护区可设置自然保护区管理科或管理站，各级自然保护区管理机构应配备适当的专业技术人员。自然保护区管理机构的主要职责包括以下几个方面：
（１）贯彻执行国家有关自然保护区的方针、政策和法规；
（２）负责保护自然保护区内的保护对象及其周围的环境，防止火灾及其它对保护对象不利的因素；
（３）负责接待、指导和监督在保护区内从事科研、教学、参观游览等活动的单位和个人；同时要与科研、教学部门合作，积极开展科研和有关自然保护方面的宣传教育工作；
（４）在不破坏自然环境和自然资源的条件下，协助政府合理组织好自然保护区内居民的生产和生活。