1、遗传资源获取和惠益分享
21世纪是生命科学的世纪，对于农业等生物技术产业的革命性发展及多功能实现，呈现了广阔的空间和深远的前景，同时也大大凸现了生物多样性，特别是生物遗传资源的战略性地位。生物遗传资源保护、获取和惠益分享问题已成为《生物多样性公约》后续谈判的焦点，受到世界各国政府的高度重视。生物遗传资源丰富的发展中国家越来越认识到：发达国家借助先进的生物技术正在通过对遗传资源的开发利用和知识产权的保护获得巨大的商业利益，因此要求与发达国家公平分享因利用其遗传资源而产生的惠益。目前获取和惠益分享国际制度谈判仍在进行中，各方几乎在所有问题上都存在严重分歧。巴西、哥伦比亚等拉美国家力主ABS国际制度应是具有法律约束力的国际法律文书，要求突出体现保护遗传资源“原产国”利益。而美国、日本、欧盟等发达国家认为，ABS国际制度不仅限于有法律约束力的国际法律文书，而是由许多不同工具和方法组成的体系，需要体现“提供者”和“使用者”利益平衡。缔约方大会第九次会议（COP9）决定，应于缔约方大会第十次会议（COP10，2010年10月召开）之前完成ABS国际制度的拟订和谈判工作。目前我国定位是遗传资源及相关传统知识的提供国。
2、农业和粮食问题
人类食物的构成主要是谷类作物、水果和肉蛋奶等，它们是人类赖以生存的物质基础。世界上农业生产的主要产品都是从生态系统中获得，如：种植的谷类、豆类、水果，饲养的家禽家畜等。农业可持续发展的立足点是生物多样性。物种和遗传多样性为农业提供了适应变化和维持生产的能力，生态系统多样性为农业提供了可持续发展的条件。然而，生物多样性正以前所未有的速度丧失。过去半个世纪以来，人类对生态系统的影响超过了历史上的其他时代。60%的生态系统服务功能因为人类活动而日趋恶化，不可替代的物种灭绝速度也在加剧。约五分之一的家畜品种有灭绝之虞，平均每个月有一种家畜绝迹。在人类历史上驯化的7000个植物物种中，我们每天食用的绝大多数食物仅占其中的30种。与气候变化相连的极端气候事件，给农作物造成了巨大破坏，农业产量不断下降，全球粮食储备处于历史的低位。根据世界粮食计划署的说法“粮食紧缺已成为世界面临的最大危机。”农作物和畜禽多样化是我们应对全球粮食危机的重要保障，我国科学家袁隆平教授正是利用了野稗的遗传多样性，创造了杂交水稻的高产量，为解决全球粮食问题提供了新的途径、思路。
3、气候变化问题
气候变化问题也逐渐成为《生物多样性公约》关注的问题，全球气候变化对自然生态系统、人类生存环境及经济社会产生了重大影响。气候变化直接或间接导致干旱、海平面上升、厄尔尼诺现象频率和强度增加、水患风灾等异常气候增多等，对自然生态系统和物种分布造成严重威胁。许多生态系统由于气候变化而受到威胁，20-30%的物种可能面临日益严重的灭绝危险。同时，生态系统和物种的巨大变化也会加快全球变暖的进程。因此，减缓气候变化和保护生物多样性密不可分、相辅相成，做好生物多样性对气候变化的应对工作，既是保护生物多样性的必要措施，也是减缓气候变化的重要途径。
4、外来入侵物种
根据《生物多样性公约》秘书处的定义，外来入侵物种是指被引入或散布到其原有生活区域并威胁到生物多样性的物种。这些物种通常在原有生活区域没有危害，然而一旦扩散到新的环境，他们会严重威胁当地动植物的生存，有的甚至能够威胁当地居民的生产和生活，造成严重的财产和生命损失。由此看来，外来入侵物种具备两个基本特征：一是本地原来没有，二是造成了社会、经济和环境危害。
外来入侵物种入侵途径主要有以下三个：一是为农林牧渔业生产、生态建设和观赏等目的而引进外来物种（有意引进）；二是随贸易、运输、旅游等活动而带入一些外来物种（无意引进）；三是自然传入。世界上外来物种入侵的主要原因是人为有意引进和无意传入，这也是外来入侵物种预防和控制的重点。