福建医科大学创建于1937年，其前身是福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1969年，与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院。1996年4月改为现名。
经过70多年的建设发展，学校已形成学士—硕士—博士人才培养体系和“勤奋、严谨、求实、创新”优良校风，成为一所集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学。2003年，被福建省人民政府确定为重点建设高校。同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
学校现有上街、台江2个校区，占地1300余亩，校舍建筑面积40.9万平方米。学校多次被评为福建省党建和思想政治工作先进高校、省文明学校、省“依法治校”示范校、省“校务公开”示范校、省计划生育先进单位、省卫生先进单位、省绿化模范单位和省级花园式单位等。2008年9月，学校被授予“全国教育系统抗震救灾先进集体”荣誉称号。
学校现有19个学院、部，即基础医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、口腔医学院、医学技术与工程学院、人文学院、研究生教育学院、海外教育学院、成人教育学院、职业技术学院、继续教育学院、第一临床医学院、第二临床医学院、协和临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、海峡学院和体育教研部；25个本科专业（方向），即临床医学（本硕连读）、临床医学、临床医学（临床病理学方向）、临床医学（急救医学方向）、口腔医学、医学检验、麻醉学、医学影像学、临床医学(眼与视光学方向)、康复治疗学、预防医学、预防医学(检验检疫方向)、预防医学(妇幼保健方向)、护理学、药学、药学(临床药学方向)、药学(药物分析方向)、药学(药物制剂方向)、药物制剂、应用心理学、英语、社会工作、公共事业管理、公共事业管理(卫生管理方向)、公共事业管理(医院管理方向)；博士学位授权点22个，硕士学位授权点59个、专业硕士学位授权点2个。目前，各类在校生22000多人，其中本科生11000多人，博士、硕士生2100多人，本科专业面向全国21个省、直辖市、自治区和港澳台地区招生。
学校现有教职医护员工5491人，其中校本部963人。在835名专任教师中，具有研究生学位占61.32%，高级职称占58.56%。博士生导师65名，硕士生导师454名。享受国务院特殊津贴专家100人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选5人，国家有突出贡献中青年专家4人，卫生部有突出贡献中青年专家4人，教育部优秀青年教师资助3人，教育部骨干教师资助8人，福建省优秀专家17人，“福建省百千万人才工程”人选64人，福建省高校教学名师8人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划人选28人，福建省高校创新团队2个。
学校有附属医院(含临床医学院)11所，其中10所综合性附属医院(含临床医学院) 均为三级甲等医院，即附属第一医院、附属第二医院、附属协和医院、省立临床医学院（省立医院）、福总临床医学院（南京军区福州总医院）、附属厦门第一医院附属漳州市医院、附属泉州第一医院、附属三明第一医院和附属龙岩市第一医院；附属口腔医院1 所。此外，有临床教学医院28所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络。
目前，学校现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，科研机构65个，省重点学科13个，学校重点学科6个，省高校重点实验室3个，承担着大量的科研任务，成果显著。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。www.dljs.net学校图书馆面积25600平方米，图书、资料164万册，是福建省医学图书中心馆。
“十一五”期间，我校将以党的十七大精神为指导，推进学校新一轮发展，成为办学规模适度，学科结构合理，办学层次较高，整体实力较强；以普通本科教育为主，加快发展研究生教育和长学制医学教育；以医学为主，理学、管理学、法学等多学科协调发展的教学研究型省属重点医科大学，努力建设为海峡西岸经济区建设服务的创新药物研究开发平台、基础医学研究创新平台、临床医学诊疗创新平台、公共卫生服务创新平台、医学实验动物服务平台和医学创新人才培养平台等六大平台，成为海峡西岸高级医药卫生人才培养中心、医学科学研究中心和医疗预防保健中心，跨入国内同类高校的先进行列。