福建中医药大学的前身是创建于1958年的福建中医学院，是我国创办较早的高等中医药院校之一，是福建省重点建设高校，2010年3月经教育部批准更名为福建中医药大学。
学校设有13个学院（部），2个研究院；有中医骨伤科学、中西医结合临床2个博士学位授权点，18个硕士学位授权点；有中医学、七年制中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、临床医学、医学影像学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、应用心理学、食品科学与工程等33个本科专业及方向。现有全日制在校生9200多人，其中研究生910多人。
学校现有教职医护员工2500多人，其中具有高级职称的专业技术人员500多人；拥有一批国家有突出贡献的中青年专家、国务院特殊津贴专家、国家级名老中医学术继承人指导老师、全国百名杰出青年中医、全国优秀教师等。
2002年和2007年，学校先后两次在教育部组织的本科教学工作水平评估中获得“优秀”成绩。目前，学校拥有2门国家级精品课程、1个国家级教学团队、3个国家级特色专业、1门国家级双语教学示范课程、1个国家级人才培养模式创新实验区。在近两届教学成果评选中获国家级二等奖1项，省级特等奖2项、一、二等奖5项。
学校有11个国家中医药管理局重点学科，12个省级重点学科。2003年以来，作为福建省重点建设高校之一，学校以学科建设为核心，带动其它相关内涵建设的发展，取得显著成绩。2008年，学校再次被列入福建省重点建设高校。
学校有8个国家（局级）三级科研实验室，2个省级重点实验室。先后有360多项科研成果受到国家和省市的奖励，其中国家级科研成果奖12项。近5年来，学校进一步推进科技创新，加大科研投入，共承担科研课题1000多项，其中国家级项目近30项，省部级项目280多项；获省部级以上奖励40余项。仅2009年就获国家自然科学基金项目12项、省级重大专项2项、省自然科学基金项目22项。
学校有福建省人民医院、福建省第二人民医院等8所附属医院，3所临床医学院，20所教学医院，22所实（见）习医院，临床基地实力雄厚，体系健全。有13个国家中医药管理局重点专科、专病，19个省级重点专科、专病。校本部设立国医堂医院，为社会提供服务。
学校拥有两个校区，共占地1014亩，各类建筑总面积29万多平方米，教学科研仪器设备总值8700多万元，纸质、电子图书文献总量280万册。学校各类设施优良，配备了现代化的教学、科研、行政、生活等设施，建设了富有中医药文化气息的人文景观，是一个环境优美、文化浓郁的校园，已连续五次被福建省委、福建省人民政府授予“文明学校”荣誉称号。
学校是内地第一所招收台湾学生的中医药院校，现有各类在校海外学生近300名，其中多数为台湾学生；先后举办了10届两岸中医药学术研讨会，形成了博士、硕士、本科、专科、短期进修等多层次、多规格、多形式的对台教育格局。学校还与美国、德国、澳大利亚、日本、马来西亚、台湾、香港等国家和地区的高等院校、科研医疗机构、学术团体建立了稳定的合作关系。
在新的发展阶段，学校以科学发展观为指导，秉承“大医精诚，止于至善”的校训精神，进一步更新观念，开拓进取，努力把学校建设成为一所以中医药为主体，多学科协调发展，服务海峡西岸经济区，具有鲜明办学特色的教学研究型中医药大学。