从世界范围来看，北回归线附近地区几乎全是沙漠或干旱草原，故有“回归沙漠带”之称。但我国华南每年有来自海洋的温湿季风滋润着这里的生物，因此南昆山不仅没有变成沙漠和干旱草原，而且生长着高大茂盛的常绿阔叶林。南昆山自然保护区已成为镶嵌在北回归线上的一块绿宝石。
自然保护区内山地面积达1.2万公顷，森林覆盖率79％，有高等植物2400多种，热带、亚热带、温带植物并茂。其中珍贵稀有植物有苏铁、穗花杉、竹柏、红花荷、观光木、格木、红豆树等，还有药用植物灵芝、走马胎、巴戟等50多种。
南昆山原生林已有400多年历史。在海拔1100米的锅盖蜂上，生长着“冰川元老”穗花杉。地球经过第四纪冰期大变动后，世界各地的穗花杉都成为地下化石，仅在我国南部少数山区残存部分。南昆山上有纯竹林2600多公顷，因此当地有“砍不尽的南昆竹”之说。南昆山有红豆树近10种，除红豆树外,还有兰花、樱花、吊钟花等观赏植物。
南昆山不仅是植物王国，还是动物宝库。这里栖息着苏门羚、黄猄、獐、野牛、野猪、穿山甲等兽类30余种；毛鸡、山鹰、山雀、啄木鸟、画眉、红嘴相思等鸟类74种，还有两栖类动物3种、爬行类动物13种。在南昆山常见的动物有似牛似马又似羊的苏门羚，头象猪、毛似狸猫、四肢象猴子的猫狸，还有水鹿、云豹、锦鸡、鲮鲤等。
南昆山不仅动植物资源丰富，而且还有奇岩瀑布，独具特色。在海拔700多米的佛坳顶上有一座长60米、高28米、宽11米的“大佛石”，石上有佛洞、峡谷、瀑布，景色奇物，为南昆山一景。南昆山流泉飞瀑遍布，其中最著名的是有“华南第一瀑布”之称的“穿龙飞瀑”。
“穿龙瀑布”在南昆山下坪村东南2公里穿龙峡上，全长约千米，分为5级，每级落差不等，最长的有30多米，最短的有10多米。最为壮观的是处在峡谷尽头的第一级瀑布。这里峭壁挺立，溪水从一形似龙头的石洞中喷出，飞流直下10多米，然后往右一折，又下泻7米左右，直冲崖下深潭，声如虎吼，蔚为壮观。
在南昆山上坪的天圳山间，还有“观音戏水”瀑布，一石佛坐在水帘之中，似一尊戏水观音。