晋太康元年（公元280年）曾设置广兴县，县治在今琴亭镇附近，后几废几设。清朝乾隆八年（1743年）析永新县二十个都、安福县十二个都置莲花厅，治莲花桥（今琴亭镇），属吉安府。民国二年（1913年）改厅为县，属庐陵道。民国十五年废道，莲花直属省政府。民国二十一年属第十行政督察区。民国二十四年，属省第三行政督察区。1928年6月30日，成立莲花县第一届工农兵政府。
1949年8月13日全县获得解放，属吉安专区。1968年属井冈山地区，1979年属吉安地区。1992年6月20日，民政部（民行批[1992]66号）批复：经国务院批准，同意将吉安地区的莲花县划归萍乡市管辖；同年8月11日正式实施。
1988年12月10日，设立寒山乡，其行政区域为原属荷塘乡的寒山、安泉、白竹、文塘四个行政村的范围，乡政府驻寒山村（赣民函[1988]138号批复）。1994年8月26日，撤销坊楼乡，设立坊楼镇（赣民字[1994]136号批复）。
1997年，全县面积1062平方千米，人口23.2万。辖2个镇、16个乡：琴亭镇、坊楼镇、下坊乡、三板桥乡、六市乡、升坊乡、闪石乡、良坊乡、花塘乡、坪里乡、南岭乡、高洲乡、神泉乡、荷塘乡、寒山乡、湖上乡、琴水乡、路口乡。
1999年7月15日，撤销坪里乡、良坊乡、路口乡、升坊乡，设立坪里镇、良坊镇、路口镇、升坊镇（赣民字[1999]182号批复）。
2000年，全县辖6个镇、12个乡。根据第五次人口普查数据，全县总人口224668人；其中：琴亭镇24932人、坊楼镇22048人、升坊镇13985人、坪里镇11744人、良坊镇14968人、路口镇13385人、琴水乡10276人、花塘乡13543人、神泉乡5983人、三板桥乡9076人、南岭乡11607人、荷塘乡10966人、寒山乡1724人、高洲乡14553人、六市乡7324人、下坊乡15051人、湖上乡12249人、闪石乡11254人。
2001年7月9日，撤销琴水乡、花塘乡，划归琴亭镇；撤销寒山乡，划归荷塘乡（赣民字[2001]338号批复）。 2002年底，莲花县。面积1062平方千米，人口23.4万人，其中非农业人口2.9万人。辖6个镇、9个乡，4个居委会、210个行政村。县政府驻琴亭镇
琴亭镇 镇政府驻琴亭。面积64.0平方千米，人口4.838万人，邮编337100。辖4个居委会、27个行政村：城东、城南、城西、城北；西门、南门、北门、西边、莲花、花塘、花田、新寨里、老寨里、白马、斜田、王下、太伍、白岭、上田、中田、杨一、杨二、杨三、黄沙洲、车头、彭头、金家、六模、下梅洲、盆望、望山。
路口镇 镇政府驻路口。面积50.3平方千米，人口1.417万人，邮编337108。辖13个行政村：路口、丰施、范家、街头、庙背、湖塘、汤坊、阳春、同坑、元山、下垄、东湖、小岭。
良坊镇 镇政府驻良坊。面积66.2平方千米，人口1.587万人，邮编337112。辖16个行政村：良三、良一、良二、言坑、心田、白沙、下布、邑田、歧下、井一、井二、垄上、高丘、泉水、黄源。
升坊镇 镇政府驻升坊。面积50.7平方千米，人口1.416万人，邮编337113。辖11个行政村：升坊、云溪、江口、阁塘、石江、沙屋、花园、浯一、浯二、泰岭、麻石。
坪里镇 镇政府驻坪里。面积50.5平方千米，人口1.251万人，邮编337113。辖9个行政村：坪里、段家坊、珊田、上江、模背、竹湖、五洲、瑶口、桃岭。
坊楼镇 镇政府驻坊楼。面积117.0平方千米，人口2.201万人，邮编337103。辖20个行政村：坊楼、罗市、东边、塞上、富冲、树下、小江、奢下、冽源、蕉叶冲、枧下、新城、沿背、田垄、洋桥、甘家、东田、屋场、江山、小王庙。
闪石乡 乡政府驻南头。面积59.7平方千米，人口1.154万人，邮编337106。辖10个行政村：南头、五里山、井屋、洞背、大源、暖水、闪石、江边、渭下、西江。
湖上乡 乡政府驻湖上。面积56.4平方千米，人口1.323万人，邮编337107。辖14个行政村：湖上、山下、小水、淦田、东田、江背、樊家、圳背、西山、五口、曾家、南村、磊龙、楼天。
下坊乡 乡政府驻洞下。面积51.1平方千米，人口1.502万人，邮编337110。辖18个行政村：冲头黎族、西潭、升堂、白渡、下坊、湾溪、斜天、汤渡、清塘、泰垣、仁本、汗上、南湾、渐潭、梅洲、田心、刘家、洞下。
三板桥乡 乡政府驻敕古塘。面积30.8平方千米，人口0.918万人，邮编337104。辖10个行政村：清水、田南、棠市、湖边、三板桥、院拍、镇背、江荷、桥头、山口垄。
神泉乡 乡政府驻谭坊。面积65.3平方千米，人口0.629万人，邮编337114。辖8个行政村：棋盘山黎族、谭坊、湖田、神泉、大湾、永坊、周屋冲、永垄。
六市乡 乡政府驻鸡子寨。面积124.2平方千米，人口0.894万人，邮编337101。辖12个行政村：六市、大沙、河江、垭坞、探家坊、横塘、黄家、海潭、西坑、黄桥、山口、山背。
高洲乡 乡政府驻高洲。面积103.1平方千米，人口1.495万人，邮编337102。辖16个行政村：高洲、上塘、小背、下湾、黄天、江畔、苍下、冲里、严家、朱家、李家田、黄沙、洲里、赤洧、高滩、路西。
荷塘乡 乡政府驻庙下。面积132.5平方千米，人口1.425万人，邮编337105。辖16个行政村：楼下、白竹、安泉、寒山、文塘、佳山、珊溪、湾里、井下、路边、严塘、庙下、院背、双岭、长曲湾、下益。
南岭乡 乡政府驻塘边。面积54.4平方千米，人口1.155万人，邮编337104。辖10个行政村：塘边、云边、圳头、长埠、超村、湾源、四桂、砚溪、千坊、岭水。
以上根据《江西省行政区划简册2003》整理 2003年9月4日，撤销下坊乡，成建制划归良坊镇管辖；撤销坪里镇，成建制划归神泉乡管辖（赣民字[2003]213号批复）。2003年底，全县总人口24.3万人。
2004年，全县辖5镇8乡：琴亭镇、坊楼镇、路口镇、良坊镇、升坊镇，六市乡、高洲乡、闪石乡、湖上乡、南岭乡、荷塘乡、神泉乡、三板乡。
琴亭镇 2004年辖：城东居委会、城南居委会、城西居委会、城北居委会、西门村（镇政府所在地）、南门村、北门村、西边村、莲花村、花塘村、寨里村、白马村、斜田村、幸福村、白岭村、凫村、杨枧村、曙光村、金家村、六模村、下梅洲村、望山村。
路口镇 2004年辖：路口村、丰施村、范家村、街头村、庙背村、湖塘村、汤坊村、阳春村、同坑村、下垄村。
良坊镇 2004年辖：良坊村、布口村、新田村、白沙村、下布村、邑田村、歧下村、井一村、井二村、高丘村、泉水村、黄源村、冲头黎族村、白渡村、下坊村、湾溪村、斜天村、汤渡村、清塘村、泰垣村、南湾村、梅洲村、田心村、富民村。
升坊镇 2004年辖：升坊村、云溪村、江口村、石江村、沙屋村、花园村、浯一村、浯二村、泰岭村。
坊楼镇 2004年辖：坊楼村、罗市村、东边村、富树村、小江村、奢下村、新枧村、沿背村、田垄村、洋桥村、甘家村、红源村、小东村、屋场村、江山村。
闪石乡 辖：江边村、井屋村、洞背村、大源村、暖水村、闪石村、渭下村、西江村。
湖上乡 辖：湖上村、山下村、小水村、东田村、江背村、樊家村、圳背村、西山村、曾家村、南村。
三板桥乡 辖：清水村、田南村、棠市村、湖边村、三板桥村、镇背村、桥头村、山口垄村。
神泉乡 辖：坪里村、棋盘山黎族村、谭坊村、湖田村、神泉村、大湾村、永坊村、周屋冲村、段家坊村、珊田村、上江村、模背村、竹湖村、五洲村、桃岭村。
六市乡 辖：六市村、大沙村、垭坞村、海潭村、西坑村、黄桥村、山口村、山背村。
高洲乡 辖：高洲村、上塘村、小背村、下湾村、黄天村、江畔村、苍下村、严家村、朱家村、黄沙村、赤洧村、高滩村。
荷塘乡 辖：庙下村、楼下村、白竹村、安泉村、寒山村、文塘村、珊溪村、湾里村、井下村、严塘村、双岭村、长曲湾村。
南岭乡 辖：塘边村、圳头村、长埠村、超村、湾源村、四桂村、砚溪村、岭水村。