（四）病因假说
克山病病因尚未阐明，曾有过多种假说，经过多年来的研究、探索，当前主要集中于水土和生物学性病因说两种。
1.水土说（生物地球化学学说）
此说认为本病是由土壤或饮水中某种元素过多，进入人体后，选择性地作用于心肌而引起中毒；或者由于对心肌代谢十分重要的某些元素缺乏或比例失调所致。它的主要论据是：
（1）克山病的分布有明显的地方性，主要分布在棕壤性土系为主的地区，由于这些地区内自然条件和化学组成的异常，影响当地饮水和粮食中化学元素的含量，通过水和食物与人体联系，造成心肌病变。
（2）在流行区内，疾病重点分布于受侵蚀、剥离的山区或岗梁地带内，在元素易于富集的广阔平原上，病情甚轻，甚至完全无有。
（3）病区内的饮水类型，水、土、粮、菜中的元素种类及含量与本病的发病率有一定的关系。
（4）克山病的病理变化主要是无菌性心肌坏死，可以用中毒或元素缺乏进行解释。在病理标本上，新病灶与旧病瘢同时并存，说明病因经常地、连续地作用于心肌。
（5）克山病临床表现与一般心肌病相似，其临床类型只表明心脏功能的不同。而且血象变化不大，发热患者只占30％，多由合并症引起。这些改变都与中毒或元素缺乏的病理变化一致。致病因子是常年存在的，急性发作是由气温变化，感染、过劳、分娩、精神刺激等诱因所引起。
在水土病因说中曾涉及到有硒、钼、镁缺乏和硝酸盐过多。近几年来对全国各主要病区的自然环境条件进行了大面积的调查。从对11个省500个点，15000份水、土、粮、头发、血液等样品的分析看，在克山病流行区，内外环境中的硒含量都显著的较非病区为低。例如发硒，病区居民平均值在0.12ppm以下；而非病区居民在0.2ppm以上。克山病病区的分布特点如灶状分布，丘陵与沿海、山区与平原，盐渍化与非盐渍化也都与内外环境中硒的分布相一致。在一个病区之内，农业人口体内硒的水平，明显较非农业人口为低，这和克山病的发病分布完全相符。另外，通过大面积的，大量人口的口服亚硒酸钠预防试验证明，亚硒酸钠对预防克山病的急性发作有突出的效果。而且人类的克山病与动物间缺硒的心肌病，在地理位置上呈现重叠分布。从以上种种证据看，外界环境中的低硒状态，可能与克山病有一定的关系。但环境缺硒，对克山病发病年度的波动性、地区移动性、季节性等特点，还不能进行解释，而且硒对克山 病治疗亦无明显作用。所以，除去硒缺乏外，可能还有其他因素存在。如膳食中某一营养物质缺乏，或某几种元素比例失调等。
2.生物性病因说
生物性病因说，认为本病是一种自然疫源性疾病，由致病因子通过媒介物传染人体所致。它的主要论据是：
（1）克山病有年度多发和季度多发的特点，说明病因对人作用的时间相当集中，在一定的地形、地貌和土壤等自然环境中，可生长一定的生物，其中也包括一些疫源性疾病的宿主，尤其是某些啮齿野生动物，很可能是本病的传染源所在。本病的年度多发、季度多发、地区性和灶性分布特点，可用疫源性疾病进行解释。
（2）急性病人的病理改变以新病变为主，有少数人甚至全部为新病变；慢性病人以旧瘢痕为主，有少数人全部为旧瘢痕。这表明病因对人体的作用时间主要在多发季节中，旧瘢痕和慢性病只是疾病发展的结果。
（3）克山病患者可有微热、白细胞增多、血沉加快。某些病理标本中见到，除去以心脏、心肌的实质病变为主外，也同时存在间质炎症反应，而且有少数炎症反应，并不局限于坏死区，这些都支持生物性病因说。
生物性病因说目前主要集中于病毒方面的研究。近年来，昆明医学生物研究所等单位已从西南地区克山病患者的600多份血液，脏器标本中分离出50多株病毒。其中半数为柯萨奇、埃可等肠道病毒，他们还从患儿血液中分离出一株柯萨奇B4病毒，经多次传代，在抗原性和致病性方面都取得良好的结果。根据病毒学说者的意见：在克山病流行区存在某种或某些病毒，它们在其他因素的协同作用下才可直接或间接地作用于心肌，引起发病，在一般条件下，人体受到这种病毒的感染时只产生相应的抗体并不发病。除病毒学说外，也有一些单位在研究粮食受真菌污染与克山病的关系。