土壤形成的生物因素，包括植物、土壤微生物和土壤动物，它们是土壤有机质的制造者，同时又是土壤有机质的分解者。它是促进土壤发生发展的最活跃因素。其中植物，特别是高等绿色植物及其相应的土壤微生物类群，对土壤的作用最为显著。绿色植物对分散在母质、水体和大气中的营养元素有选择地加以吸收，利用太阳辐射能进行光合作用，制造成活体有机质，并把太阳能转变为潜能，再以有机残体的形式，聚积在母质表层，然后，经过微生物的分解，合成作用，或进一步转化，使母质表层的营养物质和能量逐渐丰富起来，产生了土壤肥力特性，改造了母质，推动了土壤的形成和演化。据统计，陆地上植物每年生成的生物量约有5.3×1010吨，相当于8.92×1020焦耳的热能（表2-2）。
不同的植被类型所形成的有机质的性质、数量和积累的方式各不相同，因而对成土过程所产生影响也不同。一般说来，热带常绿阔叶林的有机残体的数量多于温带夏绿阔叶林，温带夏绿阔叶林又多于寒带针叶林，草甸植物多于草甸草原植物，草甸草原植物多于干草原植物，干草原植物又多于半荒漠和荒漠植物（表2-3）。
木本植物的枝叶以凋落物的形式堆积于土壤表层，因而剖面中腐殖质是自表层向下急剧减少。而草本植物的根系占很大比例，因而剖面中腐殖质自表层向下逐渐减少。
草本植物每年进入土壤的有机残体绝对数量虽不如木本植物多，但其灰分含量则超过木本植物，半荒漠和荒漠的猪毛菜为200—300克每千克，干草原为120—200克每千克，草甸草原为50—120克每千克，草甸为20—40克每千克，从干旱的荒漠向湿润的草甸过渡，草本植物的灰分含量有规律地减少。在比较干旱的气候条件下，草本植物残体分解后，形成中性或微碱性环境，钙质丰富，有利于腐殖质的形成和积累，加之草本植被有很发达的须根穿插、挤压和胡敏酸钙为主的胶结作用，有利于形成团粒结构。木本植物的灰分含量一般比草本植物低，针叶林的针叶灰分含量为30—70克每千克，阔叶林的阔叶灰分含量90—100克每千克。针叶枯枝落叶所形成的土壤腐殖质以富里酸为主，呈酸性或强酸性，使土壤产生强烈的酸性淋溶，阔叶林因其灰分含量比针叶林多，其枯枝落叶所形成腐殖质，以胡敏酸为主，酸度较低，淋溶较弱，盐基饱和度高。
地带性土壤一般有它特定的植物群系。例如，灰化土分布在针叶林和真菌为主的微生物相结合的群系；黑土、黑钙土分布在草甸草本植物和嫌气细菌为主的微生物相结合的群系；栗钙土分布在草原草本植物和好气细菌为主的微生物相结合的群系。不同植物群系决定着土壤形成过程的发展方向，而植被的演替又导致了土壤类型的演变（图2-2）。
土壤微生物在成土过程中的作用也是很重要的，并且是多方面的。它最主要的作用是分解动植物有机残体，使其中潜藏着的能量和养分释放出来，供生物再吸收利用，使生物能世代延续下去。土壤物质的生物循环不断反复进行，土壤肥力也不断地演化和发展。微生物在分解有机质的同时，还参与土壤腐殖质的形成。此外，某些特种微生物，如固氮菌能增加土壤氮素养分。各种自养性细菌对矿物质的分解等，都对土壤形成和发展起一定的作用。
土壤动物中的原生动物，各种土栖昆虫、蚯蚓和鼠类等，它们的残体也是土壤有机质的一种来源，同时它们以特定的生活方式，参与土壤有机残体的分解、破碎，以及翻动、搅拌疏松土壤和搬运土壤的作用。蚯蚓还能将土壤通过其肠道分解，造成独特的胶状有机-矿质混合体，在草甸土中，蚯蚓能在一年内将每公顷80—90吨的排泄物搬到地表，而在热带地区，每年搬运量每公顷可达250吨。[NextPage]
有些地区土壤中的动物为数不少，其所起的作用不容忽视。据美国布朗（Brown）等人的研究，在山毛榉林下，土壤中动物（个体为0.2—18.92毫米）总量每公顷为286公斤，总数达61.79亿个。有的草原土壤，每公顷土壤上黄鼠和鼹鼠的洞穴可达3000—4000个，而砂土鼠穴每平方米有300—400个，它们将数米深，特别是50厘米处的土壤母质和有机质上下翻动，每公顷数量可达数百万或更多，对土壤物理、物理化学性质有很大的影响。
一般地说，在阔叶植被落叶层和土壤中动物最多，丛林地与草原次之，荒地与旱地最少。耕种熟化土比生荒地动物可多几十倍到几百倍。因此，土壤动物种群的组成和数量，在一定程度上是土壤类型和土壤性质的标志，并可作为肥力指标（麦2-4）。
