上洞洞口较小，洞长240米，面积4600平方米，洞高12－｝－15米，可分成两部分，前部保存着脚洞特点，后洞则沿地层层面和断层面发育，高低不平。后洞最高大厅是“灵霄殿”，海拔125米，洞顶可达140米以上，主要景点是“天池飞瀑”等。
宝晶官为什么呈四层洞穴？它的形成原因是什么？经过考察与分析认为，地表是不断地运动着的，自第四纪（约240万年前）以来，喜马拉雅山造山运动虽然已基本停止，但地壳还是有脉动运动，即第四纪以来华南地壳不断地在上升，不过有时上升，有时稍有安定。在上升的时候，河流以向下切割为主，在地表就成为峡谷；当地壳相对稳定的时期，河流向下切割可以转为向水干方向扫荡，在河谷中就变成宽阔的谷地。如果地壳再抬升，河流再次向下切割，就在宽阔的谷地中下切成峡谷，而宽阔的谷地中一部分被保存下来，这种保存下来平阔的古代河谷，称为阶地。这种阶地上可以有河流的堆积物，也可以没有堆积物。如果地壳几次运动和相对停顿，相应地可以形成多级阶地。其实，这里的溶洞就是当时的河流，在地表河流横向扫荡时，石灰岩内就形成脚洞，灌入河水，开拓洞穴，当地表河流向下切割时，石灰岩体内的地下河水亦逐渐下降在底层形成地下河，老的地下河就干涸成旱洞。目前，上层洞穴位于海拔105米，中洞为78米，下洞为57米，而底洞，也即是目前地下河相当于北江水面33米高程。由此可知，宝晶洞四层溶洞的生成，至少有三次地壳上升过程：第一次上升形成中洞；第二次上升形成下洞；第三次上升就形成底层水洞。
地壳运动的速度也是有变动的，形成上洞的地壳安定时间较长，中洞形成时的安定时期较短，而下洞时的地壳最为稳定而且时间亦长，故侗穴的洞体也较大。当然从不同层次洞穴间的高程，可以阐明地壳上升强度的变化，上洞到中洞，高差近30米，中洞到下洞相差21米，水洞到下洞高差24米。这说明第四纪以来地壳上升有变缓变慢的趋势。根据古地磁的研究，宝晶洞上洞的沉积物是70万年前沉积的，就是说宝晶洞上洞在70万年前已生成，中、下洞则是70万年前以后生成的了。
燕子岩的南端还有一个碧落洞，由于有一小河贯通，成为穿洞。它离北江不远，又有地下河流过，夏天洞内凉风习习，成为盛夏避暑的佳地。河水清澈，深浅适宜，又是良好的游泳地点，故早为人们所注目。历代游人和文人墨客游览碧落洞的不少，留下很多石刻题记。洞前、洞后、洞内均有前人题刻，其中以宋代为多。对于碧落洞的文字记载，最早是唐末南汉时期，南汉土刘最曾来此洞避暑，拜仙求寿，把这个穿洞称之为“了从‘尤御室”，记载于钟元章的《碧落洞天招‘龙御室记》内。宋时余靖也有《碧落洞》诗云：“幽景前贤恨到难，泉声清浅出岩间。驱驰宦辙重来此，尘世难逢时地间。”《广东新语》中也对此洞作过评述，如称：“洞外峰峦四合，一屏前立，江光树色，掩映虚无，境绝幽丽。”未苏轼诗云：“搓牙乱峰合，晃荡绝壁横。”清代方朝则诗称：“翠壁何A峨，幽岩凿山麓。”目前宝晶洞与碧落洞连成一片，已成为广东省级风景名胜区。