进入80年代，人们在科研生产实践中逐渐认识到，经典的板块俯冲—碰撞造山机制难以很好地解释古老克拉通和复杂造山带的许多地质构造问题，因而板块理论的新进展——地体构造应运而生。地体构造理论将板块构造研究推向一个新的阶段，为大陆上古板块细结构研究带来新的广阔领域，在地质学家和地球物理学家面前设立了新的研究课题，使之成为剖析岩石圈结构与碰撞造山带形成和演化以及重建古板块的有效方法。郭令智和施央申及其研究集体于1983年抓住这一科学新动态，在中国最早引进地体构造理论并倡导应用于中国的地质实践，组织师生在华南、西南、西北、东北、华北南缘等地开展地体考察和调查，将板块构造、地体构造、碰撞构造等理论有机结合起来，系统研究我国大陆区的地质问题，发表了一系列研究成果，进一步发展了板内构造理论，其重要观点和认识，至今仍为很多学者所引用。他和施央申及其研究集体发现华南造山带中既有更老的古冈瓦纳大陆裂解的陆块地体，也有岛弧和海山成因的地体，还有太古代的变质地体，并划分为五个复合地体群和23个地体，它们以镶嵌构造图案出现，历经了自元古代到新生代多期的离散、联合和拼贴增生等过程。研究提出，地体离散主要有漂移、旋转，走滑和挤出等方式；地体拼贴则有俯冲、逆冲和停靠等方式。构造调查和古地磁研究发现，江南造山带中段存在二个性质独特的地体，陆壳亲缘性的九岭地体和洋壳亲缘性的怀玉地体。这二个现代位置紧邻的地体在拼贴之前的相同时代，彼此相隔很远。大约14亿年前，二者相距1200km，在10亿年前，相距近1000km，二者位置都在南纬近赤道附近。到8亿年前，二者基本靠拢，完成了拼贴，位置在15°～20°N。古磁偏角揭示，二个地体在拼贴中曾发生过左旋剪切运动，旋转角度60度，从而产生了一系列碰撞拼贴期和碰撞拼贴后构造。此外，近10年来，郭令智和施央申及其科研集体对我国的地体构造综合分析还取得了下列新成果：1．地体基本上是外来的、移置的和有来源的，代表消失了的古陆碎片、岛弧、海山、洋底高原等；2．以巨大断裂带为边界的各种地体类型的划分和板块成分及构造背景的恢复可为研究复杂碰撞造山带奠定基础；3．地体离散和增生是一个复杂演化过程，必须在重视科学实践和观察的基础上进行运动学和动力学的研究；4．在理论思维体系上应以板块构造理论为指导，将地体构造和碰撞构造理论结合起来，借助现代化高新技术和进行开创性研究，才能取得全新的理论突破。上述成果，曾在1986年国际活动大陆边缘构造会议和1988年第四届国际地体会议上进行了宣讲，受到国内外专家的好评，认为是对地体理论的重要发展。
80年代，郭令智还领导科研集体开展了推覆构造、板片构造、伸展构造和碰撞造山带的研究，并把推覆构造和伸展构造的理论运用到华南中下扬子地区和四川盆地的找油找气具体实践中，为国家提供了一批有价值的研究报告，发表了一系列科学论文。
在90年代初，郭令智等研究了喜马拉雅山地区板块碰撞的两种远距离效应，1992年合作撰写了《印藏碰撞的两种远距离构造效应》一文，研究了滑线场理论，提出在亚洲大陆内部所发生的走滑构造带主要形成挤压一剪切型盆地即三江地区的镇安型盆地，而在挤压构造带则形成天山式的挤压型盆地。由碰撞引发的远距离构造效应，可以波及到大陆内部500km和1500多km的地带。这一新生代碰撞构造的研究不仅对地震活动和现代构造运动具重要指导意义，而且对古碰撞造山带的形成和演化具有重要启迪意义。
1992年，郭令智执笔完成了一篇题为“从固定论到活动论——大地构造理论思维轨迹”的文章，对他及其科研集体40年的科研历程进行了回顾，对40年来研究成果作了总结，特别对从槽台固定论转变到板块—地体活动论的大地构造理论思维的时代背景与转变过程作了阐述，启迪人们的科学思维。
郭令智虽已年逾古稀，“桃李满天下”，享誉海内外，但他仍壮心不已，关心着华南板块构造的研究，重视对研究集体中的中青年科研梯队的培养和建设。他寄希望于青年人，坚信“长江后浪推前浪”，一代更比一代强。现在他仍在指导和鼓励中青年学者向世界科学高峰不懈进取，努力攀登。
