在新疆北部与蒙古国和独联体接壤的地区，有一条著名的山脉——阿尔泰山，山脉东段在蒙古境内，西北延伸至独联体境内，中段在中国新疆北部边境。阿尔泰哈纳斯自然保护区便是以阿尔泰山为中心部分，这里是中国现代冰川的主要分布区，又是西伯利亚动植物区系在中国的主要分布区，具有完整的垂直带谱及永久冰雪带。
在阿勒泰哈纳斯自然保护区中，我们可以看到许多冠以西伯利亚名称的植物极为丰富。西伯利亚落叶松、西伯利亚云杉、珍贵稀有的西伯利亚红松、西伯利亚冷杉等都是西伯利亚植物区系的重要成员。阔叶树疣皮桦、山杨、五蕊柳等也是保护区中具有代表性的树种。这些树没有艳丽的花朵，它们不引人注目的花序常常在不知不觉中开放，直至凋落时才被人们所察觉，但那碧绿的枝叶却给人们清新朴素之感，而更重要的是珍贵的木材和稀有的树种，成为生态系统中的重要成员，并将给人类带来更多的物质财富和科研价值。
丰富的动物资源是生态系统中另一类重要的组成者。盘羊、北山羊、雪豹、貂熊、紫貂、松鸡、马鹿、猞猁、雪兔、花尾榛鸡、黑琴鸡等都是国家的二、三级保护动物。
风光秀丽的哈纳斯湖清澈透亮的湖水、苍翠的森林以及背景上高耸的雪峰遥相辉映，集中国南北风光于一地，使保护区不仅成为一个综合的自然生态系统，又能提供罕见的旅游资源。