多瑙河东出黑海，西通中欧，在航运上有重要意义。多瑙河流经的奥地利、斯洛伐克、匈牙利、塞尔维亚和摩尔多瓦5国是内陆国，对这些国家来说意义尤为重要。多瑙河干流90%河段能通航，蒂萨河、摩拉瓦河、萨瓦河等30多条支流多可通航。萨瓦河有500千米的可通航里程，是波斯尼亚-黑塞哥维那、克罗地亚主要的通航水道，克罗地亚最大城市萨格勒布就在萨瓦河畔。为协调多瑙河流经各国的航运，早在1856年就在罗马尼亚的加拉茨设立了国际多瑙河委员会，管理从德国乌尔姆到黑海的航运。1878年，当时的塞尔维亚、罗马尼亚及奥匈帝国在柏林会议上商定在铁门峡谷河段新开辟一段长15千米的水道，绕开铁门瀑布，1896年建成通航。二战后，多瑙河的航运发展很快，尤其是多瑙河上游奥地利段、德国段通过建设梯级水坝、船闸，进行水道渠化，大大提高了多瑙河通航能力。
多瑙河沿岸的大河港有因戈尔施塔特（德国）、乌尔姆（德国）、雷根斯堡（德国）、林茨（奥地利）、维也纳（奥地利）、布拉迪斯拉发（斯洛伐克）、布达佩斯（匈牙利）、贝尔格莱德（塞尔维亚）、加拉茨（罗马尼亚）、布勒伊拉（罗马尼亚）、苏利纳（罗马尼亚）、鲁塞（保加利亚）、伊兹梅尔（乌克兰）等。伊兹梅尔是乌克兰重要港口之一，坐落在多瑙河三角洲汊河基利亚河左岸，距河口100千米。多瑙河流贯罗马尼亚东西1075千米，是罗马尼亚的内河航运大动脉，多瑙河左岸的加拉茨是罗马尼亚第二大港口（仅次于康斯坦察港），可停泊万吨船只；位于多瑙河汊流苏利亚河口的苏利纳港濒临黑海，万吨海轮可进入。多瑙河是保加利亚最长内河航道，鲁塞是保加利亚最大河港。多瑙河流经塞尔维亚北部400多千米，是塞尔维亚最重要的内河航道，贝尔格莱德港为塞尔维亚最大河港，该港还可通过萨瓦河通往克罗地亚萨格勒布等地。多瑙河流经匈牙利南北400多千米，是匈牙利最主要的内河航道，布达佩斯港是匈牙利最大的河港。多瑙河是斯洛伐克最主要的通航河道，布拉迪斯拉发港是斯洛伐克最大的河港。多瑙河流经奥地利境内北部，是奥地利最主要的通航河道，维也纳、林茨是奥地利大河港；维也纳港是多瑙河最大的河港，年货物吞吐量1000多万吨，年装卸集装箱30万标准箱以上。林茨位于奥地利西北部，是多瑙河上游大河港，是奥地利第二大工业城市和人口第三多城市。多瑙河自西向东流过德国南部，有雷根斯堡、凯尔海姆、乌尔姆、英戈尔施塔特等港；乌尔姆是德国南部工商业和交通重镇，有发达的汽车零配件、制药等工业，也是大科学家爱因斯坦的故乡。英戈尔施塔特是德国南部工业重镇，因是奔驰汽车公司总部所在地而有“奔驰城”之称。
贝尔格莱德
在多瑙河上游德国巴伐利亚州境内，早在19世纪30年代就开始了从美因河（莱茵河支流）岸的班贝格到多瑙河畔凯尔海姆的路德维希运河开挖，但当时运河通航能力很弱。20世纪60年代，德国开始建设现代化的莱茵——多瑙运河，从班贝格途径德国名城纽伦堡直到凯尔海姆，运河全长171千米，宽55米，穿越弗兰克侏罗山分水岭，沿途修建16座船闸，可通行3000吨级船队。莱茵—多瑙运河于1992年全线通航，大大缩短了北海和黑海之间的航程，沟通了两大水系，还有创造跨流域调水、农业灌溉等经济效益。从黑海经多瑙河溯河而上，经罗马尼亚、保加利亚、塞尔维亚、匈牙利、奥地利等国，来到德国的凯耳海姆，再经莱茵-多瑙运河，进入莱茵河支流美因河，再进入莱茵河干流直到鹿特丹港入北海，其航程约3500千米；而从海路出黑海经土耳其海峡、地中海、直布罗陀海峡、英吉利海峡到北海鹿特丹港航程在5000千米以上！为解决多瑙河三角洲河道泥沙淤积问题，罗马尼亚于1984年建成了长64千米的多瑙河——黑海运河，该运河从多瑙河沿岸的切尔沃特东西向横贯多布罗加丘陵直达黑海沿岸的康斯坦察港（罗马尼亚最大海港），经此运河从康斯坦察港出海较从多瑙河河口（苏利纳）出海，里程缩短了约400千米。