叶尼塞河蕴藏着极为丰富的水能资源，且一些河谷狭长幽深，人烟稀少，建设大型水电站的条件十分优良。目前叶尼塞河流域已建成的大型水电站主要在干流的上游及支流安加拉河。叶尼塞河干流上的第一座大型水电站是竣工于1972年的克拉斯诺亚尔斯克水电站，总装机容量600万千瓦，年发电量204亿度，是俄罗斯目前装机容量第二大水电站。叶尼塞河上的第二座大型水电站是开工于1968年竣工于1989年总工期长达21年的萨彦舒申斯克水电站，位于克拉斯诺亚尔斯克水电站上游的宋努斯克市附近，总装机容量640万千瓦，年平均发电量235亿度，是目前俄罗斯装机容量最大的水电站。
安加拉河的水能开发很充分，建有四座梯级水电站：伊尔库茨克水电站、布拉茨克水电站、乌斯季伊利姆水电站、博古昌水电站。1950年开工建设1956年投产发电的安加拉河梯级开发的龙头电站伊尔库茨克水电站装机容量66万千瓦，年发电量41亿度。第二座水电站是位于布拉茨克附近的布拉茨克水电站，1954年开工1964年全部建成，总装机容量460万千瓦，年发电量226亿度，是目前俄罗斯装机容量第三大水电站；布拉茨克水电站大坝形成的布拉茨克水库面积有5426平方千米，比尼罗河上的纳赛尔水库还大些，是目前俄罗斯仅次于古比雪夫水库的第二大水库，也是世界第六大水库。乌斯季伊利姆水电站位于安加拉河中游乌斯季伊利姆斯克，布拉茨克水电站下游，是安加拉河梯级电站的第三个水电站，1962年开工1974年投产发电，总装机容量450万千瓦，年发电量219亿度，是目前俄罗斯第四大水电站。安加拉河上第四个梯级电站是博古昌水电站，位于乌斯季伊利姆水电站下游，1975年开工1982年开始发电，总装机容量400万千瓦，年发电量192亿度。
叶尼塞河更多的水电站还在规划、设计中，在叶尼塞河克孜勒附近，计划建设装机容量150万千瓦的图瓦水电站；在叶尼塞河列索西比尔斯克的下游计划建设装机容量650万千瓦的中叶尼塞河水电站；在叶尼塞河与石泉通古斯卡河汇合处的上游计划建设装机容量650万千瓦的奥西诺夫水电站；在叶尼塞河图鲁汉斯克附近，计划建设俄罗斯最大的巨型水电站——装机容量2000万千瓦的图鲁汉水电站！