覆盖白鳍豚历史分布江段的长江科考未寻找到最后的白鳍豚，科学家们称这个结果证明白鳍豚种群状况极度濒危，可能成为世界上第一个被人类消灭的鲸类动物。
白鳍豚处于长江水生生物食物链的顶端，在长江水域中没有任何天敌，因此其灭绝不可能是自然原因造成，它所面临的所有威胁都来自人类。历史资料证实收集到的白鳍豚标本中90%以上的死亡是由于人类活动直接造成的。
目前中外科学家普遍认同四大原因导致了白鳍豚在20年的时间内几近消亡。
首先，酷捕滥捞经常误杀白鳍豚，或导致白鳍豚食物匮乏。一方面随着沿江人口飞速增长，渔民对长江里鱼类的需求越来越大，以鱼为生的白鳍豚能够得到的食物越来越少。另一方面，渔民捕捞作业对白鳍豚的误伤屡见不鲜。据不完全统计，由于捕捞作业误伤死亡的白鳍豚几乎达到死亡总数的一半。加上一些不法之徒大量使用炸鱼、毒鱼、电打鱼、迷魂阵等有害捕鱼手段，更令白鳍豚的生存雪上加霜。1987年在长江死亡的一头白鳍豚身上，竟有103处大大小小的伤口。
其次，繁忙的水上交通威胁着白鳍豚的安全，航道的日益繁忙使白鳍豚的生活空间越来越小。魏卓说，船舶的噪音污染，将白鳍豚的正常生活彻底打乱，干扰了它们的声呐系统，造成白鳍豚被船舶的螺旋桨打死的惨剧。在收集到的因此致死的白鳍豚标本中，有的头骨粉碎，有的被拦腰斩断。
再次，大规模的水利工程设施建设日渐压缩白鳍豚的生存空间，破坏其栖息地，并阻断白鳍豚的洄游路线。魏卓说，前些年有关部门在湖北洪湖燕窝实施爆破清理航道时，将一个拥有4名成员的白鳍豚家庭全部炸死，其中还有2头怀孕的雌豚。
最后，严重的水污染破坏了白鳍豚的食物资源，危害其健康。随着长江沿江工业的迅速发展和农药的大量使用，长江水质的污染日益严重，这极大地影响了白鳍豚的健康，造成其繁殖能力减弱。一项研究表明，白鳍豚体内的有害物质含量比海豚要高得多。