第三，个体工商户的生产经营所得和对企事业单位的承包、承租经营所得适用5级超额累进税率，与其他各项应税所得适用的税率又不相同，这不仅增加了征管操作的复杂性，而且违背税收公平原则。
（三）费用扣除简单，标准统一，未能体现税收公平原则
2008年3月1日实施的《中华人民共和国个人所得税法》，将我国居民工资薪金所得个人所得税的免税额定为2000元。这个免征额对中国的任何一个居民都是一样，看上去似乎是公平的，实际上并不公平。因为人们的生存条件及社会保障有很大的差异，例如，对农民的免征额是2000元，对国家职工的免征额也是2000元，对农民来说这是不公平的。因为国家职工有良好的社会保障，有稳定的医疗福利等，个人收入是实实在在的净收入；而农民的就业保障、医疗保障和养老保障等制度仍不是很健全，落实情况也不是很好，加上已办妥养老保险的一些农民因为户籍而产生转移难等问题，让能享受这一块税前扣除费用的人数又大大减少。另外，一个养活三个人的个人所得，与一个只养活自己一个人的个人所得，实际上就有很大的差异，但所得税的免征额却是一样的，所以这是公平中存在的不公平。不能体现“量能负担”的原则，与个人生计以及家庭抚养有关的项目均未能考虑在内，其公平性也就无从体现。
（四）现行个人所得税法的一些政策不合理
外籍人员从三资企业取得的股息免税，而中国公民取得的股息要征税；计税工资不全面；部分免税项目已难以适应当前形势的需要，形成了税收漏洞以及个税申报方式的急待改革等。
由于个人所得税制存在的以上问题，带来了如下一些影响：
第一，个人所得税款的大量流失。
税收流失是目前中国税收领域存在的一个突出问题。规模巨大的税收流失中就包括个人所得税的税收流失。在我国，偷逃个人所得税的手段五花八门。比如，个人独资企业、合伙企业的个人投资者以企业资金为本人、家庭成员及其相关人员支付与企业生产经营无关的消费性支出及购买汽车、住房等财产性支出；高收入者隐瞒、虚报纳税所得；各种形式的劳务报酬所得、财产租赁所得、财产转让所得无法统计；实物工资无法货币化、实际工资与名义工资存在很大的差距，如此等等的做法，由于没有一个综合的个人所得税及自行申报制度，以致个人所得税款的大量流失。
第二，工资薪金实行的超额累进税率以及其它比例税率难以实现对收入的有效分配和调节。
我国的工资薪金个人所得税率级距过多，最低税率、边际税率的规定均过高，从而导致在吸引高端人才方面功能偏弱。对高收入者征收高税，这看起来似乎公平。可是，很多发达国家的实践情况表明，对于那些高收入的企业主，高税率于他们几乎不起作用，因为他们以公司为依托，有丰富的避税手段和方法。那么高税率对谁有用呢?它只对那些企业中的职业经理人和专业人士有用，对那些只依赖薪金收入的高职人员有用。而这些人是任何行业和地区都最为短缺的人才，过高的税收政策减弱了他们的重要性以及压抑了他们的积极性。
同周边国家（或地区）如新加坡和我国香港的最高税率只有20%左右相比，我国的税率最高达45%确实太高了。与此同时我国对资本财产性所得实行比例税率，不仅税负轻，税收调节力度也受到限制。因此，现行这种税率结构在实际执行中难以实现对收入分配进行有效调节的政策目标。
第三，费用扣除简单，造成了个人所得税事实上的横向不公平。
我国目前的个人所得税采用单一、简单的费用扣除标准，并没有考虑个人具体的负担能力。如老人的赡养费用、子女的教育费用、住房、公益性捐款以及夫妇一方工作单独负担家庭费用等情况。举例而言，对于有相同收入的一对夫妇抚养一个小孩，但在一对夫妇有二位老人要赡养且老人没有任何经济能力的情况下，其实际所得就远远低于另一对夫妇，可是他们却要纳相同的税负。马克思说过：“试问按公道来说，能不能指望一个每天赚一角二分钱的人缴纳一分钱和每天赚十二块钱的缴纳一元钱那么容易？按比例来说，他们每人都交出了自己收入中同样的一份，但是这一捐税对他们生活需要的影响程度却完全不同。”因此，按现行的个人所得税这一费用标准扣除后的征收，并不能实现纳税能力越高纳税越多这一目的，造成了事实上的横向不公平，有违税收的公平负担原则。
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