拉萨的甘丹寺、色拉寺和哲蚌寺合称三大寺。甘丹寺在拉萨市郊的达孜县境内，是宗喀巴于明永乐七年（公元1409年）兴建的第一座格鲁派寺院。全寺分夏孜、绛孜两个扎仓。僧人定额为3300人。寺院规模相当于三个布达拉宫。主要建筑为拉基大殿、赤多康等。拉基大殿可同时容纳300O多个喇嘛在内诵经。赤多康是宗喀巴生前起居之处，内间有一台坐床，据说宗喀巴就是在这床上圆寂的。宗喀巴的法座继承人、历代格鲁派教主称为“甘丹赤巴”，他们世世住在这所寺里，灵塔也保存在此。
色拉寺在拉萨市北五公里，是宗喀巴的弟子绛钦却杰（大慈法王）释迦也失所建。他曾于明永乐十二年（公元1414年）和宣德九年（公元1434年）先后两次到北京觐见皇帝，被封为大国师和大慈法王，得到明廷的厚赐。寺宇倚山面河，规模宏大。17世纪时僧员定额为5500人。到1959年时寺僧达9000人。主殿为措钦大殿，面积有1000多平方米，共四层，殿内壁画完好。寺内分节扎仓、麦扎仓和阿巴扎仓。所藏文物也很丰富，有释迦也失从北京带回的大藏经、各种佛像、唐卡、金银铜的法器和供器等。
哲蚌寺在拉萨市西北10公里。是宗喀巴的弟子绛央却杰所建。全寺建筑以白色为主调，远望如米堆，所以取名“哲蚌寺”，意为积米寺。占地面积为25万平方米。殿宇依山而起，联成一座山城。五世达赖时僧人定额7700人，解放前夕僧人已超过一万，是喇嘛教最大的寺院。正殿措钦大殿面积1850平方米，前面还有2000平方米的广场，殿内可同时容纳六七千人。另有“噶丹颇章”，意为极乐宫。三世、四世、五世达赖都住在这里，直到布达拉宫峻工后，才移居布达拉宫。五世达赖曾在这里建立噶丹颇章王朝，哲蚌寺便一度成为西藏地方政权的中心，所以历世达赖都以哲蚌寺为母寺。寺内扎仓规模超过其他寺庙，藏书丰富。
格鲁教派的另一座大寺拉卜楞寺在甘肃夏河县，是甘南藏族地区的最大寺院，下辖寺院108所，喇嘛总数达两万名，始建于清康熙四十八年（公元1709年），僧舍有万余间。寺内有能煮四头大牛的铜锅，五尺长的象牙。珍藏文物几万件，藏文经典、书籍六万多册。因而与塔尔寺、扎什伦布寺和拉萨三大寺并称为黄教六大寺院。