青藏铁路西藏段自开工以来，一直严格执行生态环境保护标准，据环保部门监测，目前建设中没有出现任何环境污染或生态破坏现象。
据青藏铁路建设指挥部介绍，青藏铁路所经地方很多是高原原始生态环境，沿线高原草甸需要重点保护。在西藏境内还经过羊八井至格达温泉自然保护区，黑颈鹤自然保护区。另外，青藏高原的冻土层也要给予保护。
在施工中，建设单位通过各种手段，减少工程本身对环境的污染。为防水污染，施工废水不能直接排放，要全部经沉淀、隔油处理后再排放，生活污水也都要经氧化处理后再排放。施工人员产生的生活垃圾禁止焚烧，全部分类处理，塑料、钢筋等可回收的全部回收利用，电池、电瓶电解液送到拉萨色楞寺垃圾处理厂。为减少施工对环境的污染，建设单位还尽量选用污染较小的设备。
据施工单位中建二局环保科科长董军介绍，他们对沿线植被保护下的力气最大。施工前要对原始地貌拍照，所有破坏的植被都要移植到周围的路基或空地上，如经过地方植被很少，则要人工种草。羊八井附近一段40多千米的道路目前正在移植草皮，预计仅种草一项要花费1800万元。