学校设有海洋学院，商学院，中文与传媒学院，外国语学院，数学与计算机科学学院，物理与材料科学学院，资源与环境学院，美术创意学院，音乐学院，化学化工学院，体育学院，教育学院，继续教育学院13个二级学院，社会科学教育部、电大教学部2个教学部。
钦州学院师资力量较为雄厚,结构合理。学校教职工822人，其中专任教师561人，高级职称168人；硕士学位以上326人，外籍教师4人，外聘院士2人；“双师型”教师140人。建设有钦州市北部湾人文研究、北部湾海洋保护与开发利用、北部湾教师教育等人才小高地，与钦州市力顺机械有限公司共建农机产品开发人才小高地。
根据国家地区发展战略、地方经济社会和文化发展需求和学校的办学实际，经过对北部湾人才需求的调研和广泛深入的教育教学思想大讨论，学校升本以来，学校经历了从“转变三种意识、实现两个转变，打造五大品牌”的办学思路，到紧紧围绕“迎接本科教学工作合格评估、切实关注民生和积极筹建北部湾大学”的三大中心中作，发扬钦州学院起步时期的“迎难而上、团结奋进、开拓创新、争创一流”学院精神，提出“主动服务北部湾经济社会发展，重点建设涉海类学科专业及临海工业的学科，为北部湾经济开放开发培养高质量应用型人才。”的办学理念。确定了如下办学定位：
1.发展目标定位：以社会需求为导向，以服务区域经济社会发展为宗旨，把学校建成适应区域经济社会发展特别是广西北部湾经济区发展需要的，特色鲜明的多科性、区域性教学型大学。
2.办学类型定位：教学型普通本科院校。
3.办学层次定位：以本科教育为主，适度发展地方紧缺专科教育为辅，努力发展专业研究生教育。
4.办学形式定位：以全日制普通高等教育为主，继续教育为辅。
5.服务面向定位：立足北部湾，服务广西，面向全国，辐射东南亚。
6.办学特色定位：地方性、海洋性、国际性。
2011-2012年，学校在深入开展本科教学评建过程中，学校本着既要传承优良大学文化传统，又要快速适应国家高等教育发展和区域经济社会发展的新要求，在校内外广泛征求意见的基础上，凝炼了钦州学院新时期的大学精神：“海涵春育，鹏举南天”和学校校训：“博观内省，达道知行”。
在2012年6月的学校第一次党代会上，学校党委提出了“迎评估、提质量、聚人才、育特色、建大学、惠民生”六大方略和“1569”工作思路。
学校主动服务北部湾经济社会发展，根据北部湾经济区人才需求，科学制定《钦州学院“十二五”教育事业发展规划》、《钦州学院“十二五”学科专业建设规划》，围绕打造“地方性、海洋性、国际性”办学特色，不断加大学科专业调整力度，不断完善和优化学科专业结构，大力发展海洋学科、坭兴陶艺设计等富有地方特色的优势学科和专业，培育和打造与北部湾经济区重要海洋支柱产业和临海工业发展相适应的涉海类学科群和专业群，如海洋科学、港口物流、海产品储运与加工、水产养殖、轮机工程、航海技术、港口机械等专业，填补了广西无海洋类专业的空白，形成涉海类学科的办学特色，奠定了多学科协调发展的构架。2010年9月28日海洋学院正式挂牌成立。学校优势学科专业正逐步显现。现有36个本科专业，30个专科专业，涵盖19个一级学科、23个二级学科。学科专业结构不断优化，办学特色不断突显。
学校建成广西区高校优质专业1个（汉语言文学）、广西区高校紧缺专业2个（海洋科学、轮机工程）；现有特色专业及课程一体化建设项目3个、省级精品课程12门、广西区高校特色专业课程6门；广西区高校优秀教材2部：《〈说文解字〉与民俗文化研究》、《环境伦理学教程》，重点教材立项1部：《坭兴陶艺术设计基础》。
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