安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班（学校）。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，郭沫若先生题写校名。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
安徽中医药大学是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地、硕士研究生推荐免试单位。2005年以良好成绩通过国家教育部本科教学工作水平评估，2009年学校以优异成绩通过国家教育部中医学专业试点认证。少荃湖新校区建设被列入安徽省“861”计划，2013年上半年一期工程竣工并投入使用。
安徽中医药大学现占地总面积1171亩，有梅山路、史河路、少荃湖三个校区。东校区坐落于合肥市梅山路103号，西校区坐落于合肥市史河路45号，少荃湖校区坐落于前江路。教学科研仪器设备总值9456万元。图书馆藏书170.2万册（其中纸质图书89.3万册），古籍部珍藏古籍线装书3.3万册，是“全国古籍重点保护单位”。中药标本中心储藏了11万份药用植物腊叶标本，是全国医药院校珍藏标本最丰富的标本馆。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。
学校现有全日制在校生11043人（其中硕士生820人）。现有13个二级学院（部）、2所直属附属医院、4所非直属附属医院。现有教职工2400多人（含两所附院），其中副高以上职称人员500余人，皖江学者·讲席教授2人，博士生导师16人，硕士生导师298人；享受国务院特殊津贴35人、省政府特殊津贴5人；安徽省学术与技术带头人、后备人才18人；国家名老中医学术经验项目指导老师26人。有来自国内外的56名知名专家学者担任我校客座教授。
学校现有29个本科专业（方向）（其中国家教育部高等学校特色专业5个，均已列入一本招生），有2个一级学科博士学位授予点，4个一级学科硕士学位授予点、25个二级学科硕士学位授予点、2个硕士专业学位授权点，5个博士生联合培养基地。有 17个国家中医药管理局重点建设学科、1个省级重中之重学科，12个省级重点建设学科，6个卫生部国家临床重点专科，21个国家中医药管理局重点建设专科、23个安徽省中医药重点专科。
学校以人才培养为第一要务，牢固确立教学中心地位，把提高教育教学质量作为永恒主题，注重学生创新精神与能力素质的培养，坚持“弘扬新安医学，培育中医人才”的办学特色，人才培养质量不断提高。学校现有2个国家级教学团队、3个省级教学团队，1门国家级精品课程、16门省级精品课程。学校注重办学特色的彰显，深入推进教学改革，举办新安医学教改实验班，在临床专业建立客观化结构考试中心。2010年开始与长春、福建2 所中医药大学开展相互交流培养学生；设立大学生课外科技创新与创业基金；开展“百人获奖、千人参与、万人受益”的大学生知识技能竞赛和“挑战杯”等各级各类竞赛活动；广泛开展各类社会实践活动。2008—2012年学校共有学生190 余人次在学术科技与创新创业领域获省部级以上表彰和奖励60 余项（其中获全国大学生管理决策模拟大赛特等奖1次、全国“挑战杯”大学生创业计划竞赛三等奖1次、全国“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛三等奖2次）。学校曾被授予全国大中学生志愿者“三下乡”社会实践活动先进集体。2008年以来，学校毕业生平均就业率在94%以上，连续获得安徽省普通高校就业工作“先进集体”或“标兵单位”称号。近5年来，先后获国家级、省级质量工程项目100余项，国家级教学成果奖1项、省级教学成果特等奖1项、一等奖4项。
