目前，上海中医药大学各类在校生有9985人，其中博士生450人、硕士生1594人、本专科生（包括高职）4510人，成人教育2108人，长期外国留学生894人。另外，目前学校已与14个国家和地区建立了合作关系，有来自日、韩、俄、法、英、美、德、意等30余个国家和地区的短期留学生每年1000余人次。
上海中医药大学建校50多年来，为国家培养和输送了各级各类中医药专门人才，校友遍布60多个国家和地区。学校拥有600多名专家和教授,2名两院院士, 多名全国名中医、上海市名中医以及国家级重点学科带头人等。2008年中医学专业通过了教育部试点认证。
上海中医药大学现有8个二级学院，6个部、中心，10个研究中心。3所直属附属医院，曙光医院、龙华医院、岳阳中西医结合医院，均为三级甲等医院。2所非直属附属医院，普陀医院和上海市中医医院。3个教育部基地：中国大学生武术训练基地、国家大学生文化素质教育基地、国家理科基础研究和教学人才培养基地；1个上海市普通高等学校人文社会科学重点研究基地：中医药文化研究与传播中心。学校还是国家教育部“人才培养模式创新实验区”和“特色专业点”建设高校；现有3个一级学科授权的博士点：中医、中药与中西医结合学科，同时也都是博士后流动站，其中中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二；23个二级学科博士点；30个二级学科硕士点；14个本、专科专业；同时，学校还有9个继续教育的本、专科专业。
上海中医药大学实行研究院与学校合署的管理体制，上海市中医药研究院是全国七大中医药研究中心之一。学校现有4个国家重点学科：中医外科、中药学、中医内科及中医骨伤科学，另有2个国家重点学科（培育）：中医医史文献学、针灸推拿学。国家重点学科数居全国中医院校第二、上海地方高校之首。38个中管局重点学科，4个上海市重点学科。5个上海市教委第五期重点学科。1个教育部工程研究中心，2个上海市重点实验室，3个教育部重点实验室，7个中管局重点研究室。2个上海市高校E-研究院。
上海中医药大学坚持“不重其全，重其优；不重其大，重其特；不重其名，重其实”的办学理念，以“研究教学型、特色型和外向型”为办学定位，全校师生朝着“全国一流、世界著名的中医药大学”办学目标共同前进。