济宁医学院是山东省属普通本科医学院校，创建于1952年的山东省济宁医士学校，1958年改为济宁医学院，招收第一届本科生；1959年改为济宁医学专科学校; 1987年1月，经原国家教育委员会批准，再次定名为济宁医学院。2008年4月学校以“优秀”成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。建校57年来，已为国家培养了5万多名毕业生。
学校现有济宁和日照两个校区，占地面积1686.6亩；位于北湖生态新城、正在建设中的济宁新校区（迁建项目）占地800亩。现有教学行政用房面积213862平方米，学校固定资产总值7.4亿元，其中教学科研仪器设备总值近亿元，馆藏图书总量为150余万册。学校有10所附属医院，112个实践教学基地。
学校现有在职教工905人，专任教师580人，高级职称252人，有硕士以上学位教师337人。聘有兼职教授350余名。目前教师队伍中，有十一届全国人大代表、“全国劳动模范”、“全国五一劳动奖章”获得者、“全国优秀教师”、“山东省百名英模人物”、“山东省优秀共产党员”、“山东省教学名师”等30余名国家、省级先进模范人物，有“泰山学者海外特聘专家”1名。
学校现有15个教学院系部：学校现有15个教学院部系：临床学院、基础学院、公共卫生学院、精神卫生学院、护理学院、信息工程学院、药学院、管理学院、医学检验系、口腔医学系、医学影像学系、生物科学系、社会科学部、外语教学部、继续教育学院。开设临床医学、临床医学（中西医临床医学方向）、临床医学（精神病与精神卫生方向）、预防医学、护理学、药学、药物制剂、口腔医学、法医学、医学检验、医学影像学、康复治疗学、应用心理学、生物技术、计算机科学与技术、计算机科学与技术（软件外包方向）、食品质量与安全、信息管理与信息系统、公共事业管理、市场营销（医药营销方向）、人力资源管理、劳动与社会保障、英语等20多个本科专业和专业方向。
学校的“临床医学”专业、“预防医学”专业为教育部高等学校特色专业；“临床医学（精神病与精神卫生方向）”专业、“护理学”专业为省级特色专业。“医学免疫学”被评为国家级精品课程。“生理学”、“诊断学”、“药理学”、“病理学”、“医学化学”等多门课程被评为省级精品课程。病理学与病理生理学、神经病学、心血管疾病研究诊疗中心、神经内科学为山东省重点学科；学校现有行为医学、心血管疾病诊治、职业卫生与环境医学等省级重点实验室。有山东省行为医学研究所、心血管诊疗中心、神经生物学研究所等28个研究机构。
十一五以来，学校承担和完成各级各类科研课题525项，其中国家自然基金、国家科技支撑计划、攻关计划等省部级以上科研课题33项，厅局级课题393项。共有253项成果获得市级以上科技奖励，获得专利40余项，出版专著、教材等150余部，在国内外学术期刊发表学术论文3300余篇，在国际和全国各类学术会议交流学术论文800余篇。中华医学会行为医学分会和山东省行为医学专业委员会挂靠我校，中华医学会行为医学分会主任委员和山东省行为医学会主任委员均由我校教授担任。学校主办的全国中文核心期刊——《中华行为医学与脑科学杂志》和《济宁医学院学报》，面向国内外公开发行。
学校十分重视对外交流与合作，与美国、英国、爱尔兰、澳大利亚、瑞典、日本、韩国、新加坡、台湾等10多所国家和地区高等学校、医院和科研单位建立了长期合作关系,在教学、科研、医疗、师资培养等各个方面进行了卓有成效的合作和交流。学校定期选送部分本科生和研究生出国学习或联合培养。
学校先后被授予山东省“省级文明单位”、“省级文明校园”、“山东省德育工作优秀高校”、“全国大中专学生三下乡社会实践活动先进单位”等荣誉称号。
学校以邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，全面贯彻党的教育方针，坚持社会主义办学方向，秉承“明德仁爱、博学至善”的校训，以质量求生存，以改革谋发展，坚持依托优势，突出特色，整体提高，以医药学科为主体，多学科协调发展的办学思路，不断提高办学质量、提升办学水平，努力建设特色鲜明、国内知名的高等医药院校。