寺院原有天王殿(山门)、释迦殿(前殿)、毗卢殿(后殿)及钟楼鼓楼。天王殿还有禅堂、僧房、院墙等建筑，占地面积约2公顷。现仅存释迎殿和毗卢殿。毗卢 殿中央佛台上供奉的是佛教的本尊主佛毗卢遮那。
毗卢殿俗称“五花八角殿”。毗卢寺前后两殿共有壁画200多平方米，前殿壁画有83平方米，以佛教故事为题材，后殿壁画130多平方米，内容除了佛教、道 教的天神地抵、儒家的生贤孝子以外，还有一部分反映社会生活的风俗画和经古 人物。前后殿壁画比较，后殿最精美，保存也比较完整。在130多平方米的四壁 上，绘有儒、释、道3教各种仙境人物122组，重彩人物508个，形成了3教合流 的壁画艺术特点。壁画上下分为3层，下层神像高约1米，水平正对视线，都是精心之作。中上层神像依次减少，多为大半身。四壁描绘这么多神像人物，但主次分明，顾盼照应，层次井然。充分体现了古代画师的高超技艺。如后殿西壁所画的佛 界旷野大将，身着红袍，顶戴缨盔，侧身迈步，猛回首怒视，似发现敌情、拔剑欲刺，神态栩栩如生。壁画着色既对比强烈，又和谐协调。毗卢寺的壁画着色以石 绿、昧红为基调，虽然鲜艳却不媚俗。所用颜料以矿物质为主，历久不退，至今仍光彩夺目，在我国人物画发展史上占有重要的地位。
毗卢寺为什么要建在滹沱河滨?当地民间流传着种种说法，其中流传最广的是为了镇九小龙。相传很久以前这里有一小湖，湖水与滹沱河相通。湖溪两岸，绿 树成荫，百花争艳，风光秀美。有一天。龙王九子闲暇无事，溯滹沱河而上观景玩水，来到上京村东湖中，恰遇一个名叫京花的村姑到湖边取水，九小龙上前调戏， 京花慌忙呼救，众村民从四面八方赶来，用锄头把九小龙打得头破血流。九小龙恼羞成怒，引来滹沱河水，兴风作浪，一时间波涛汹涌，房倒屋塌，人畜伤亡无数。 毗卢佛东游到此，见九小龙所作所为，即口念经咒，片刻间使水退浪息。九小龙见 毗卢驾到，忙跪地认罪求饶。毗卢规劝小龙回归东海，为民及时布雨。从此，上京 衬一带连年风调雨顺，人们过上了丰衣足食的安乐日子。后人为了纪念毗卢佛降 服九小龙，便把村边的小湖称“九龙湖”，并在湖边兴建了这座毗卢寺。