2009年11月，巴基斯坦总统扎尔达里出席卡尔扎伊总统第二任期就职典礼。2010年3月，卡尔扎伊总统访巴，两国签署《关于巴基斯坦和阿富汗全面合作未来步骤的联合宣言》。9月，卡尔扎伊总统再次访巴。12月，巴基斯坦总理吉拉尼访阿。2011年4月，巴基斯坦总理吉拉尼访阿。6月，卡尔扎伊总统访巴，双方举行联合和平委员会会议。7月，巴基斯坦总统扎尔达里访阿。受阿富汗高级和平委员会主席拉巴尼2011年9月遇刺的影响，巴阿关系受挫。2012年以来，两国关系有所改善。2月，阿富汗总统卡尔扎伊赴伊斯兰堡出席巴基斯坦—阿富汗—伊朗峰会期间，与巴基斯坦总理吉拉尼会晤。会后不久吉拉尼总理发表声明，呼吁阿富汗有关各方参与阿富汗民族和解进程。11月，阿高级和平委员会主席小拉巴尼访巴，取得积极成果。巴方为配合阿和解需要释放多名塔利班分子。
2013年4月以来，巴阿在“杜兰线”（英国殖民者人为划定的阿巴边界，阿方一直不予承认）附近发生交火，在推动阿富汗塔利班参与阿和谈问题上矛盾上升，关系再度趋冷。7月，巴总理国家安全和外交事务顾问阿齐兹访阿，修复巴阿关系，推动卡尔扎伊总统访巴。8月，阿总统卡尔扎伊访巴，同谢里夫总理举行会谈，双方就阿巴关系、阿和解进程、地区局势等交换意见。11月，谢里夫总理访阿。