2004年以来，索和平进程取得积极进展。2004年2月23日，索马里和谈全体代表举行会议，通过索《过渡宪章》。10月10日，索马里过渡议会在肯尼亚首都内罗毕选举阿卜杜拉希·优素福·艾哈迈德为索马里过渡联邦政府总统，任期5年。2005年1月15日，索过渡联邦政府正式成立。6月起，过渡联邦政府迁回索境内办公。2006年12月，索过渡联邦政府在埃塞俄比亚军队支持下击溃了反政府的伊斯兰法院联盟武装，控制了首都摩加迪沙及周边地区，但未能实现对索全境的有效控制。2008年12月29日，索总统阿卜杜拉希·优素福辞职。2009年1月31日，主要反对派“重新解放索马里联盟”（ARS）领导人艾哈迈德当选索马里新总统，任命舍马克为总理并成立了新的过渡政府。索新政府积极寻求与各方谈判，实施伊斯兰法，谋求与伊斯兰极端势力和解，得到索国内和国际社会的普遍支持。但反政府武装“沙巴布”和伊斯兰党拒不与新政府对话，并联合武装占领首都摩加迪沙大部分街区和索中南部大部分地区，暗杀多名政府要员，造成大量人员伤亡。过渡政府在非盟驻索马里特派团（AMISOM）的支持下守住了摩加迪沙部分街区和索中部部分地区，双方形成僵持状态。2010年3月15日，过渡政府与索重要武装派别逊尼派联盟（ASWJ）达成协议，后者宣布加入政府。5月16日，索过渡议会在摩加迪沙召开2010年首次会议。因议员内部矛盾难以调和，马多贝议长被迫于17日宣布辞职，并表示多数议员对现政府投了不信任票。28日，过渡议会选举谢里夫·谢赫·哈桑·谢赫·亚丁（Sharif Sheikh Hassan Sheikh Aden）为新任议长。9月21日，舍马克总理辞职。10月14日，艾哈迈德总统任命穆罕默德为总理。2011年6月，索过渡联邦机构在乌干达的斡旋下达成《坎帕拉协议》，一致同意将过渡期延长至2012年8月。7月，索内阁重组，阿里出任总理。2011年9月、12月和2012年2月，“结束过渡期协商会议”和第一、二次“全国协商制宪会议”先后在索举行，索各方通过了《结束过渡期路线图》并就制宪时间表、议会改革方案和完成制宪进程具体方案达成一致。2012年5月和6月，索有关各方先后在埃塞俄比亚和肯尼亚举行会议，就完成结束过渡期前最后阶段各项任务制定时间表，就相关安排达成一致。
2012年8月1日，索全国制宪会议通过《临时宪法》。8月20日，索联邦议会正式成立并随即选举产生议长和副议长。9月10日，经两轮角逐，哈桑·谢赫·马哈茂德当选索总统。10月6日，马哈茂德提名阿卜迪·法拉赫·希尔敦为索联邦政府总理。11月13日，希尔敦总理提名的内阁部长名单获议会批准，15日新政府宣誓就职。至此，索正式结束长达8年的政治过渡期，成立内战爆发21年来首个正式政府。2013年12月2日，索联邦议会通过对希尔敦总理的不信任案。12日，马哈茂德总统任命阿卜迪韦利·谢赫·艾哈迈德（Abdiweli Sheikh Ahmed）为索联邦政府总理。12月21日，联邦议会批准阿卜迪韦利出任新总理。2014年1月21日，阿卜迪韦利总理提名的新内阁成员名单获议会批准。
【宪 法】 现行宪法为《索马里临时宪法》，2012年8月1日经索全国制宪会议通过生效。规定索实行联邦制；伊斯兰教为国教；联邦议会由众议院和议会上院组成；总统为国家元首和军队总司令，掌握实权，由联邦议会选举产生，任期4年；总理由总统任命，为联邦政府首脑，负责任命副总理、各部部长、国务部长和副部长，非议员也可担任部长级官员；司法独立，建立宪法法院、联邦法院和州法院三级体系，联邦及以上级法院大法官由总统任命；国家安全部门由军队、情报、警察和监狱部门组成；国家尊重人权和法治，立法、行政和司法权相互独立；国土疆界与1960年宪法所述相同（即北起亚丁湾，西北接吉布提，西邻埃塞俄比亚，西南与肯尼亚接壤，东濒印度洋）。临时宪法同时规定，现有各联邦州可继续根据各自宪法行使权力，直至全部联邦州均正式成立并通过与联邦宪法相适应的州宪法为止。