（一）组织保障
1．加强领导。为切实加强对"531水污染防治工程"的领导，县政府成立磐安县"531水污染防治工程"领导小组，由县长、分管副县长分别担任正副组长，县督查局、环保局、农办、发改局、经贸局、财政局、国土局、水务局、建设局、规划局、农业局、卫生局、工商局等部门主要负责人为成员，领导小组下设办公室（设在县环保局）。
2．明确分工。领导小组各成员单位分工如下：
县督查局（考核办）：负责组织开展磐安县"531水污染防治工程"目标和工作任务落实情况的督查工作；将"531水污染防治工程"各项工作目标纳入各镇乡人民政府和各部门领导班子综合考核。
县环保局：负责编制磐安县"531水污染防治工程"年度工作计划、目标，分解落实各项工作任务；开展工业污染治理、强化治污设施运行监管；实施乡镇流域断面考核，污染生产总量控制和排污权有偿使用；加强饮用水源地水质监测和监管。
县农办：牵头负责村庄整治建设项目。
县发改局：负责将磐安县"531水污染防治工程"有关项目纳入国民经济和社会发展计划；推进全面产业结构调整和布局。
县经贸局：负责节能降耗和"二高一资"企业结构调整和升级改造；推进循环经济和清洁生产，编制完善产业导向目录，推进产业结构调整及升级，配合相关部门推广环保型磷化工艺的使用。
县财政局：负责磐安县"531水污染防治工程"县级财政专项补助资金的筹措和监管。
县国土局：负责磐安县"531水污染防治工程"项目土地指标落实，牵头负责采、制砂行业污染整治。
县建设局：负责组织实施城镇生活污水处理设施配套管网建设；城乡生活垃圾治理项目的建设；负责指导实施县城市污水处理厂尾水深度处理工程和污泥无害化处置项目。
县水利局：负责牵头实施农村饮用水源保护工程，依法做好水土保持和水资源综合利用的监督管理，会同相关部门做好生态调水工作，负责占用河道采、制砂场（点）的整治工作。
县规划局：负责磐安县"531水污染防治工程"项目用地规划许可。
县农业局：负责畜禽养殖污染治理，落实禁养区、限养区相关要求，协助乡镇政府实施禁养区内养殖户搬迁和取缔工作；牵头开展生态养殖场和生态养殖小区建设，引导散养户集中养殖。
县卫生局：负责对医疗机构污水处理和医疗废物处置的指导和监督管理。
县工商局：负责依法吊销不符合环保要求的企事业单位（个体户）经营执照。
（二）资金保障
资金投入以企业为主，充分运用市场机制筹措资金。县财政建立"531水污染防治工程"专项资金，重点对影响面广的示范性、控制性治理工程给予资金补助或以奖代补。
（三）制度保障
1．建立环境质量目标责任考核和河段包干制度。将"531水污染防治工程"各项目标、任务纳入各镇（乡）、部门领导班子和领导干部综合考核；建立乡镇水质交接断面环境质量目标责任考核，县环境监测部门定期对交接断面水质进行监测，各镇（乡）政府负责辖区内水污染综合治理，对水环境质量负责，镇（乡）长为主要责任人。
2．制定企业关停限产制度。依法制定企业关停限产制度，明确工业企业关停限产的响应条件、执行程序、补偿标准、行政诉讼应诉办法等内容。在区域、流域环境质量达不到功能要求时，实施企业废水污染治理全面达标工程，对超标排污企业限期治理；逾期不完成治理任务的，责令停产治理；对无法治理达标企业，实施关停。
3．完善督察督办和联合执法机制。建立环境保护督察督办制度，对"531水污染防治工程"年度计划、目标任务进展情况进行督促检查，对进展缓慢的乡镇和部门，提出警告或通报批评。对典型水污染问题，实行督察督办、媒体曝光。对水污染违法行为实施处罚，定期开展水污染源日常巡查，联合执法和跟踪整改工作。
4．完善公众参与和舆论监督制度。开展形式多样宣传活动，新闻媒体加大宣传指导力度，在全县范围营造实施"531水污染防治工程"的浓厚舆论氛围。