长江中下游区是我国经济发达的地区，人口众多，城市化程度高，经济发展快，但环境整治差，由此造成环境与发展不协调，产生了许多重大生态环境问题，灾害严重，影响可持续发展进程。
1．主要生态环境问题。
（1）洪涝灾害严重。长江中下游、淮河流域都是洪涝灾害频发区。1949年以来，虽然修建了大量水利工程，但洪涝灾害仍不断发生。1954年长江洪水，受灾耕地317×104hm2。 1980年两湖大涝，湖北和湖南受灾耕地分别为157.73×104hm2和54.1×104hm2。1991年江淮洪涝，经济损失高达数百亿元，1994年洪水，湖南受灾面积142×104hm2。1998年长江洪水，湘、鄂、赣受害面积约100×104hm2，经济损失严重。
湖泊淤塞、围垦，造成调洪能力降低，河道行洪能力减弱，加以防洪工程标准低，年久失修，险工隐患多。因此，加强水利建设，从根本上防治洪灾是亟待解决的重大问题。
（2）环境污染加重。长江沿岸工业及生活废水年排放总量约130×108t，约占全国污水排放总量的31％，废水造成的经济损失估计每年达100亿元以上。长江下游10个市的化肥施用量就达120.53×104t。平均为384. 6kg/hm2，苏州、扬州、南通等地平均达495kg/hm2以上。
长江中游主要污染物为 COD、BOD5，铵氮和挥发性酚，主要超标项目是大肠菌群。长江下游沿江城市附近江段已形成宽窄不等的污染带，各江段水质已超过Ⅲ类标准，且以有机污染为主。
长江中下游区湖泊众多，其污染程度不尽相同。洞庭湖主要污染物为总磷、铵及亚硝酸氮。巢湖、太湖水质污染均以有机和无机氮、磷为主，表现为富营养化，水质已达不到Ⅲ类要求，许多城市市内及市郊湖水水质为Ⅳ类或Ⅴ类。
本区内许多城市自来水水源已遭受不同程度污染，影响饮用水质量。一些水厂取水口被迫移向江心。合肥、无锡、苏州等城市近年已多次因水源受污染，自来水被迫短期停产，影响城市居民生活及工业生产。
淮河、太湖、巢湖均因水质污染严重，被列为全国治理重点限期对象。
酸雨影响范围日益扩大。80年代以来，我国酸雨影响地区从西南扩展到长江以南广大地区。据测定，长江中游地区，重酸雨区包括长沙、黄石、宜昌、咸宁等城市，中等酸雨区包括武汉、沙市、常德、九江等城市。
上海地处长江下游酸雨区，市区pH为4.7左右，Ca2+、SO42+、
材料表面受腐蚀，桥梁、汽车维修周期均已缩短。舟山群岛自1985年开始酸雨监测，1990和1992年出现pH＜4的酸雨，酸雨频率由1985年的41.7％增至1995年的70.1％。
（3）水土流失。本区属于南方山地丘陵水土流失区。水土流失范围广。水土流失最严重的是赣南、鄂东、湘西北等地区，江西的兴国、湖北的蕲春和湖南的安化是水土流失严重的县。
三峡库区水土流失面积达58.2％，库区河谷两岸滑坡崩坍有200多处，塌体总量达13.5×108m3，泥石流有270多处。三峡水库建成后，由于城市、工矿、道路的施工，移民后靠上山伐林垦荒，此类灾害将会加剧。
（4）生物生境恶化，物种濒危。由于人口增加，环境污染等原因，严重影响生物的繁衍。长江是水生生物资源的宝库，有鱼类 300多种，其中1/3是特有种，近几十年来生态失衡，长江鲥鱼已接近濒危、白鳍豚数量大减，据武汉水生生物研究所多年观测，1986年估计有280多头，到1993年仅存130头左右。此外，白鲟、中华鲟、长江鲟等一级保护动物，江豚、胭脂鱼等二级保护动物的生境条件都受到影响，种群数量日趋减少。
2．生态环境建设。
（1）加强水土流失地区的防治工作。主要是保护好现有森林，积极封山育林与退耕还林，严禁开垦大于25°的坡地，已开垦的陡坡耕地逐步退耕还林还草，25。以下的坡地改修梯田，营造水土保持林、水源涵养地和人工草地。开展小流域和山区综合治理，调整农业生产结构，改良土壤，推广免耕法等农业技术措施，防治水土流失。
（2）结合三峡水利枢纽工程、南水北调中线工程等项目建设，对长江河道及平原湖区进行综合治理。调整水利系统工程，适应三峡工程和南水北调中线工程建设后长江中下游水利系统的变化。对年久失修、功能不高的水库、堤坝进行加固，提高防洪标准。抓好清淤疏浚，恢复河道行洪能力。严禁围垦湖泊、侵占江河滩地、封堵江河湖泊水道、乱采江河砂石。
（3）加强城市防洪工程建设和海堤建设，提高城市防洪和抗御风暴潮的能力。
（4）加强工业污染防治，做好环境整治工作，对现有污染源采取切实有效措施，限期治理，按期达标。对新建项目要做到生产与“三废”防治同时规划，同步建设。对上海、南京、武汉、长沙、南昌、九江、宜昌等工业聚集程度高的地区，做好城市规划工作，把环境保护与环境建设作为城市建设的重要内容。