新疆工业发展较晚，1949 年以前除伊犁皮革厂等使用机器生产外，其余多为手工业作坊，现代工业几乎是空白。自治区成立以来，在乌鲁木齐、喀什、伊宁、石河子、阿克苏、库尔勒、和田等地，依靠当地及其附近地区丰富的农畜产品资源和蚕茧、芦苇、罗布麻、芨芨草等轻纺工业原料， 分别建立了相当规模的棉、毛纺织厂、造纸厂、制糖厂、皮革厂、丝织厂和地毯厂等企业。在重点发展纺织、制糖、造纸和皮革等轻纺工业的同时，又建立起冶金、煤炭、石油、电力、化工、机械、建材等现代工业。此外，还大力发展和田地毯及丝绸、喀什小花帽和民族乐器、英吉沙刀、和田玉石制 品、库车羔皮、伊犁皮革、维吾尔铜器和铜雕等传统的民族工业品生产。整个自治区已形成了乌鲁木齐、克拉玛依、石河子、伊宁、喀什等一些工业基地、新兴工业城市以及一批各具特色的工业城镇、小型工业和乡镇企业则遍及自治区各地，并已形成一定生产规模。
新疆矿产资源丰富，工业发展潜力很大。全自治区已发现的矿产资源达百余种，约有半数已探明储量。其中，煤矿主要分布于天山南北两侧山前拗陷带和山间盆地中，主要成煤期为侏罗纪，具有储量大、质量好、种类齐全、部分气煤含油率甚高等特点，1990 年原煤产量近2000 万吨。石油工业中克拉玛依油田开发较早。塔里木盆地和哈密—吐鲁番盆地石油资源更为丰富，1990 年石油产量已达680 万吨。铁矿多分布于天山东段，西昆仑山和阿尔泰山也有，多为磁铁矿、赤铁矿，其次为菱铁矿，伴生铜，可综合利用。金、铜、铅、锌、镍等有色金属和铍、锂、铌、钽等稀有金属均甚丰富。哈密地区大型铜镍矿的镍储量居全国第2 位。此外石棉、玉石、硫铁矿、磷矿、白云石等也甚丰富。云母、芒硝、盐、石膏等的储量名列全国前茅。全塔里木油田自治区水力理论蕴藏量达3000 多万千瓦，居全国第4 位。水能资源装机容量现仅为30 万千瓦，仅占水力蕴藏量的1％。风能和太阳能资源亦很丰富，设立在乌鲁木齐市南的达坂城风电场是目前中国最大的风电场。
交通运输 新疆过去交通运输落后，长途运输靠公路和骆驼，短途运输以毛驴为主。经过40 多年建设，全自治区已形成以乌鲁木齐为中心，以公路运输为主，铁路、航空运输密切配合的交通运输网。还有克拉玛依至乌鲁木齐的输油管道620 公里。
新疆公路已达2.6 万多公里。主要干线有：①通过环绕两大盆地的公路干线，沟通沿线各州、县及大小绿洲间的联系，但穿越盆地的捷径不多，仅有塔里木盆地的尉犁至若羌及叶城至巴楚两公路线；②穿越天山的公路干线，如哈密至巴里坤，七角井至木垒，乌鲁木齐经达坂城至托克逊、经胜利达坂至库尔勒，独山子经巴音布鲁克至库车（三次穿越天山），察布查尔至昭苏等；③翻越昆仑山公路干线，主要有叶城至西藏阿里地区的新藏公路，喀什经塔什库尔干至巴基斯坦的中巴国际公路；④通过甘新、青新、新藏等省际干线与邻省联系。目前全自治区已有97％乡镇通汽车。
铁路运输以兰新线为主干，连接陇海、包兰等铁路干线，可直达兰州、西安、郑州、北京、上海和黄海之滨。通往塔里木盆地的南疆铁路已从乌鲁木齐穿越天山通车至库尔勒。与哈萨克斯坦铁路接轨的北疆铁路已于1990年建成。还将计划修建库尔勒至青海（青新线），库尔勒向西延伸至阿克苏、喀什等地的新铁路线。此外，还有乌鲁木齐至甘河子的轻便铁路。
新疆是全国空中航线较长、航空站较多的省区之一。从乌鲁木齐至北京、上海、兰州、西安、广州等城市均有直达航线。自治区内有乌鲁木齐到喀什、和田、阿克苏、库车、库尔勒、且末、伊宁、阿勒泰、克拉玛依、富蕴等的航线。中国民航通往欧洲的国际航线也途经新疆。此外，乌鲁木齐还有通往阿拉木图、伊斯坦布尔和沙迦的国际航线。自治区境内通航河流极少，只有额尔齐斯河和伊犁河有季节性轮（驳）船航线。