另一方面还要注意到：酸化土壤游离出来的金属离子随水分运动进入湖泊又影响到淡水生态系统，所以需要密切关注酸雨沉降到地面后的影响过程。
科学家曾经试验给植物浇酸水，只要水的pH值低到3以下，水稻、松树、向日葵等叶子表面就会出现坏死斑点；显微镜下观察叶子表面的毛孔和气孔都受到损害，严重影响光合作用。而且酸水夺去了植物体内的钙镁等物质使植物逐渐衰弱。植物叶子变黄就是因为镁不足，叶绿素难以合成的缘故。松树等针叶树所以对酸雨特别敏感，是因为针叶树全年不落叶，酸雨造成的损害会在针叶中逐年积累起来。酸雨还可使农作物大幅度减产。例如，冬小麦在pH为3.5的酸雨影响下将减产13.7％，pH为2.5时更减产34％。大豆和蔬菜也易受酸雨危害，使产量和质量(蛋白质含量)下降。在欧洲大陆的最北部北极圈附近地区，许多地区的苔藓和地衣因酸雨而消失，所以出现了“地衣沙漠”的名词。可是苔藓地衣是当地驯鹿的冬季主要食物，这就影响到驯鹿的生存、数量、食物链和生态平衡。
另外一个严重问题是，酸雨还使土壤中的铝、汞等十分有害的金属离子游离出来。这不仅对陆地植物，而且对水生的动植物都是十分有害的。欧洲和北美几千个湖泊鱼类灭绝成为死湖，这是一个重要原因。所以过去加拿大等国家曾试验在湖中和农田中加石灰中和酸性，但是湖中鱼仍不能存活，农田施用石灰有些情况下也不起作用，主要就是因为湖水和土壤中因酸化溶出的金属铝、铜、锌、镍等离子毒性并没有消失的缘故。现今欧洲已有30％的森林因酸雨而退化；酸雨造成美国75％的湖泊和大约一半的河流酸化；加拿大43％的土地已对酸雨高度敏感，有14000个湖泊是酸性的。