哈尔滨医科大学是由原哈尔滨医科大学（我国医学先驱伍连德博士于1926年创建的哈尔滨医学专门学校,1938年改名为哈尔滨医科大学）和原兴山（现鹤岗市）中国医科大学第一、二分校（其前身为中国共产党于1931年在江西瑞金建立的中国工农红军卫生学校）组建而成。
学校历经80多年的发展建设，传承了伍连德博士“赤诚爱国、自强创业”的精神，发扬了中国工农红军卫校“政治坚定、技术优良”的光荣传统，秉承“木直中绳、博学载医”的校训，综合实力不断增强。形成了相当的发展规模和鲜明的办学特色，已经跻身于全国高等医学院校前列，是黑龙江省重点建设的“211工程”院校。
学校设有基础医学院、公共卫生学院、卫生管理学院、药学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、生物信息科学与技术学院、人文社会科学学院、口腔医学院、护理学院、麻醉学系、体育学部、第一至第五临床医学院（附属医院）、大庆校区等附属单位。中国疾病预防控制中心地方病控制中心、国家理科基础科学研究与教学人才培养基地、国家新药临床试验研究中心、卫生部俄语培训中心、中国医学科学院黑龙江分院、黑龙江省医学科学院等设在校内。
全校教职工10032人，其中专业技术人员8685人，专业技术人员中正高级职称人员987人，副高级职称人员1818人。有中国工程院院士2人，获南丁格尔奖1人，国务院学科评议组成员3人，国家级教学名师3人，有国家“长江学者”讲座教授、省“龙江学者”特聘教授16人，享受国务院政府特殊津贴99人，留学归国人员600余人。
学校为国家教育部首批试办七年制高等医学教育的院校之一，同南开大学、哈尔滨工业大学联合培养七年制学生。与国外3所院校开展联合办学。校本部普通高等教育设：基础医学（含七年制）、临床医学（含六年制俄语医学专业、六年制日语医学专业）、口腔医学、护理学、麻醉学、药学、预防医学、医学影像学、公共事业管理、法学、生物技术、生物信息学、临床药学。
学校在籍学生为13515人。其中博士生644人，硕士生3152人，本科生为6295人，留学生为93人，成人在校生3331人(其中专科2049人，专升本1282人)。
学校拥有一级学科博士学位授权点4个（基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学）、二级学科博士学位授权点41个、硕士学位授权点49个、三级学科博士授权点55个、硕士授权点63个。博士后科研流动站5个、博士后科研工作站2个；拥有国家重点学科3个，省级以上重点学科（群）35个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，部省级重点实验室9个，省普通高校重点实验室11个。
“十五”以来，学校分别获得教育部七年制高等医学教育教学评估、国家自然科学基金委理科基础科学研究和教学人才培养基地评估、教育部本科教学工作水平评估等优秀成绩，学校作为国内首家医学院校参加了全球医学教育认证试点性评估，36项办学指标全部达到世界医学教育联合会（WFME）医学教育全球标准的基本要求，其中25项指标达到高质量标准要求，人才培养质量得到了国外专家肯定。
“十五”以来，获国家教学成果一等奖1项、二等奖7项，获省教学成果一等奖17项、二等奖43项；获国家精品课程10门、省级精品课程16门，获国家优秀教学团队2个、省优秀教学团队6个、省研究生导师优秀团队3个，获国家特色专业5个、省级特色专业6个，获国家实验教学示范中心3个，获得国家优秀博士论文1篇。
微小核苷酸（miRNA）功能学研究，microRNA转基因动物模型建立研究，抗心律失常药物作用最佳靶点的研究，中国人类基因组计划研究,精准肝脏外科技术研究，同种异体劈裂脾移植研究，As2O3治疗M3型白血病和治疗实体瘤的研究，大骨节病病因学研究，心脏移植，双手移植，单前臂移植和大肠癌综合治疗等在国内外具有较大的影响。
获国家自然科学二等奖、国家科学技术进步二等奖、中华医学科技奖、中国高校青年教师奖、国家杰出青年科学基金、教育部“高等学校骨干教师资助计划”奖、吴阶平医学研究奖、何梁何利科技进步奖、保罗--杨森药学研究奖、霍英东青年教师基金和青年教师奖、全国留学归国先进个人奖等国家及黑龙江省最高科学技术奖120余人次。
“十五”以来，获国家自然科学二等奖3项，国家科技进步二等奖3项，部省级科研成果奖281项，主持国家“973”项目、“863”项目、国家“十一五”科技支撑计划、国家杰出青年基金项目、国家自然科学基金重点项目及国家自然科学基金资助项目400项。学校专家、学者在国际、国家级学术团体中兼任主任委员、副主任委员、副理事长、常务理事、常务委员的专家达132个职位，其中有65人在多个国际、国家级学术团体中兼任副主任委员、副理事长以上职务。担任国际、国家级杂志编委以上职务的专家226人，其中担任总编 3人、副主编 15人、常务编委16人。
主办《中国地方病学杂志》、《国际遗传学杂志》、《国际免疫学杂志》《哈尔滨医科大学学报》等6种专业杂志。先后同美国、日本、加拿大、澳大利亚、俄罗斯等15个国家的40余所院校和研究机构建立了友好合作关系。
五所临床医学院（附属医院）中三所为全国“百佳医院”。目前实际平均开放床位10036张，年门诊量483.2万人次，年出院总人数34万人次，门诊收治与临床确诊符合率达99.53%。另有五所非直接隶属的临床医学院，有编制床位4396余张。
学校连续四次被评为全国高等院校思想政治工作先进集体，七次参加全国高校党建工作会议并提供经验材料。学校注重校园文化与环境建设，科技文化型校园建设成为广大师生的共识。校园绿树成荫，红柱碧瓦间高楼耸立，仿古与现代风格交相辉映，彰显了博学与高雅的校园环境。 学校已经连续两次被命名为全国文明单位。
学校领导集体带领全校师生团结奋斗，坚持以高水平的医学本科教育为基础，以学科建设为根本，优先发展研究生教育和长学制医学教育的办学思想。突出办学特色、推动研究教学型的大学快速发展，为实现国内一流、国际有影响的医科大学而努力奋斗。